REACCS

(1) Theil = Theilheimer (60748M, 46818R)

(3) CLF = Current Literature File (41964M, 27154R)

(4) ORGSYN = Organic Syntheses (5274M, 5018R)

REACCS läuft auf dem VAX-Cluster der Kristallographie, eine Benutzererlaubnis ist erforderlich!

Programmstart

Im Mikrocomputer-Raum über das PAD (486er-ATs): POLYSTAR startet PolyStar, man landet am PAD (ggf. <Return> drücken):

PAD>c .kr<Return> ("blind" eintippen!)

einloggen

Username: ... (ggf. erst als PSIUSER)

Password: ...

(für PSIUSER: mit SET HOST OC1 um-loggen!)

REACCS<Return>

Database number: (1, 3 oder 4; s.o.)

Terminal type: 15B (oder 15A)

Achtung: statt "Mausklick" die <Return>-Taste drücken!

"Exit" verläßt REACCS, LOGOUT beendet die Verbindung zur VAX, F3 Q beendet PolyStar (in dieser Reihenfolge!).

PCs mit Ethernet-Anschluß und PolyStar (gilt nicht für MC-Raum!):

cd (bzw. einschlägiges PolyStar-Verzeichnis)

POLYLOAD

(falls erforderlich:) STAR

einloggen

Username: ...

Password: ...

REACCS<Return>

Database number: (1, 3 oder 4; s.o.)

Terminal type: 15B (oder 15A)

Achtung: statt "Mausklick" die <Return>-Taste drücken!

"Exit" verläßt REACCS, LOGOUT beendet die Verbindung zur VAX, F3 Q beendet PolyStar (in dieser Reihenfolge!).

VaxStation:

VT200-Fenster öffnen,

einloggen

Username: ...

Password: ...

Textfenster sinnvollerweise verkleinern und oben rechts plazieren.

REACCS<Return>

Database number: (1, 3 oder 4; s.o.)

Terminal type: 20

REACCS eröffnet ein zusätzliches Grafik-Fenster.

"Exit" verläßt REACCS, LOGOUT beendet die Sitzung.

REACCS: allgemeine Hinweise

Umschaltung von Grafik nach Text: K

Umschaltung von Text nach Grafik: GR<Return>

"Help" bietet Online-Hilfe.

Menüpunkte werden im Grafik-Modus durch "Anklicken" mit der Maus gewählt (Polystar-Emulator: statt dessen RETURN drücken!).

Menüs und globale Optionen:

BUild - Strukturen zeichnen

FOrms - Formular-Editor

MAin - Hauptmenü

(Molekül- oder Reaktionsdateien laden bzw. speichern, Datenbank wechseln)

PLot - "Drucker"-Ausgabe von Reaktionsschemata etc. (über eine Meta-Datei!)

SEArch - Suche von (Sub-)Strukturen, Reaktionen und Daten

VIewl - (View List) Strukturen/Schemata der ggw. Liste anzeigen

SET - (Settings) Anzeige- und Suchoptionen einstellen

HElp - Online-Hilfe

K - Umschaltung auf Tastatur-Eingabe

GRaphics - Umschaltung auf Grafik-Eingabe

* - Bildschirm säubern

? - verfügbare Optionen anzeigen

EXIt - REACCS beenden

Unterbrechungs-Möglichkeiten:

! - "continue" abbrechen

?

Ctrl-V - Suche unterbrechen

@ - "Joker-Zeichen" für beliebigen Text

MAIN Mode

FIND Current - angezeigtes Molekül in Datenbank suchen

FIND Data

FIND Data @ - alle Daten zur aktuellen Struktur/Reaktion anzeigen

FIND Data datentyp - "datentyp"-Daten anzeigen (z.B.: conditions, amount, litref, journal, author)

mit Ausgabe auf Datei: FIND Data datatype /out myfile.dat

FIND Molecule

FIND Molecule ID-Nummer - Molekül Nr. "ID-Nummer" anzeigen

FIND Molecule SYMBOL=acetone - nach Bezeichnung (Namen)

FIND Molecule FORMULA=C3H6O - nach der Summenformel

FIND Reaction

FIND Reaction ID-Nummer - Reaktion Nr. "ID-Nummer" anzeigen

FIND Reaction AUTHOR=Newton - nach Datentyp (Autor; vgl. SEARCH!)

FIND Reaction RSS

REAdfile - liest mol-Datei, rxn-Datei oder temporäre query-Datei (Qn)

Writefile - schreibt mol-Datei oder rxn-Datei

Clear - löscht Bildschirm

DB - wechselt Datenbank

*** - übrige Befehle ändern die Datenbank, NICHT BENUTZEN!

BUILD Mode

ADDProduct - aktuelle Struktur als Produkt hinzufügen

ADDReactant - aktuelle Struktur als Reaktanden hinzufügen

Clearrxn - Reaktion (aber nicht aktuelles Molekül) löschen

ERasemol - eine Struktur aus der Reaktion löschen (Buchstabe ?)

Findmol - Molekül in Datenbank suchen

HIlightrxn - Untermenü zur Hervorhebung der Transformation

READfile - liest mol-Datei, rxn-Datei oder temporäre query-Datei

REPlacemol - ersetzt Struktur in der Reaktion durch aktuelle

SAVequery - schreibt temporäre query-Datei

Draw-Options

Blank : löscht aktuelles Molekül

C,N,O,H,... : Atomsymbol festlegen

Clean : Struktur säubern

Delete : Bindungen und Atome einzeln löschen

Draw : Bindungen zeichnen (Doppelbindungen: zweimal verbinden etc.)

Isotope : Isotop kennzeichnen

Move : Atom verschieben

Query Options : anderes Menü, s.u.

Template : Gruppen anfügen

Up, Down, Either : stereochemische Konfiguration

Valence : außergewöhnliche Valenz definieren

Query-Options

A : irgendein Atom außer Wasserstoff

Any : irgendeine Bindung

Arom : nur aromatische Bindungen

Center : Bindung ist Teil des Reaktionszentrums

Chain : Bindung ist Teil einer Kette

D/A : Doppelbindung oder aromat. Bindung

Draw Options : anderes Menü, s.o.

Exclude (NOT list) : irgendein nicht angegebenes Element

Heteroatoms (list) : nur eins der angegebenen Elemente

Hydrogens : Anzahl der mindestens gebundenen Wasserstoffatome

NotCenter : Bindung ist nicht Teil des Reaktionszentrums

Q : irgendein Atom außer Wasserstoff oder Kohlenstoff

Restore : entfernt Query-Optionen

Ring : Bindung ist Teil eines Rings

S/A : Einfachbindung oder aromat. Bindung

S/D : Einfach- oder Doppelbindung

Stereo : Übereinstimmung mit relativer Stereokonfiguration

Highlightrxn-Menu

Automaps : automat. Zuordnung korrespondierender Atome,

Markierung des Reaktionszentrums

Clearmaps : löscht Zuordnungen und Markierungen

Center : markiert eine reagierende Bindung (RSS),

brechen, bilden, ändern (der Bindungsordnung)

Deletemap : löscht spezifizierte Markierung

Exactchange : fordert exakte Behandlung der Transformation (mapped)

Inversion : Inversion der stereochemischen Konfiguration (mapped)

Markmap : manuelle Zuordnung (vgl. Automaps)

Retention : Retention der stereochemischen Konfiguration (mapped)

Tastatur-Schalter (Zeichnen im Grafik-Modus)

A : Mapping Numbers - Ein- oder Ausblenden des Numerierungsschemas

B : Manual Refresh - automat. Aktualisieren ein- oder ausschalten

C : Continuous Draw - kontinuierliches Zeichnen von Bindungen

D : Display Update - Struktur "säubern"

E : Expand - Struktur vergrößern

F : Free valence - neu festlegen

G : group mode

D : delete group - Gruppe löschen

F : flip group - Gruppe herumklappen (180-Grad-Rotation)

L : larger group - Gruppe vergrößern

R : rotate group - Gruppe drehen

S : smaller group - Gruppe verkleinern

T : translate group - Gruppe verschieben

H : Horizontal - Bindung waagerecht orientieren

I : Isomer - Chiral-Markierung an- oder abschalten

J : Join - Ring an Bindung oder Atom anfügen

L : Label - Wasserstoffe an freien Valenzen anzeigen

O : Origin - Struktur ins Bildschirmzentrum verschieben

R : Reduce - Struktur verkleinern

S : Shift - Struktur verschieben

V : Vertikal - Bindung senkrecht orientieren

+ : Gruppe oder Atom hinzufügen

= : Atom ersetzen

SEARCH Mode

Suche abbrechen mit !, unterbrechen mit ? bzw. Ctrl-V.

Als Ausgabe wird eine Liste (Ln) erstellt, die im ViewList-Modus betrachtet werden kann.

Formula -

Suche nach exakter Summenformel (falls H angegeben) oder nach Bestandteil (Formel ohne H; Bereiche wie C(6-8)O(1-3)). Bsp.: C6H6 - nur exakt, also Benzol und Isomere; C6O1 - sonstige Atome beliebig, also u.a. Phenol.

ISomer - Suche nach Stereoisomeren

moldata/rxndata -

Suche nach Molekül- bzw. Reaktionsdaten (grafisch menügesteuert oder über Tastatureingabe; bei Tastatureingabe zeigt "Search: IndexData" eine Datentyp-Liste)

Search: daten-deskriptor relationaler-operator ziel-wert

daten-deskriptor (vollständig bzw. Nummer), Bsp.:

CONDITIONS:TEMP

PRODUCT:BOILING.PT:TEMP

RXN:VARIATION:PRODUCT:GRADE

relationaler-operator: = < > <= >= <>

ziel-wert:

Zahlenwert oder Bereich, z.B. 50-75

Text

Textbruchstück (@ als Joker): @benzene benz@ @benz@

Search: AUTHOR=@Corey@

(Hinweis: punktlose Initialen sind vor- ODER nachgestellt)

RSS -

Reaktions-Substruktursuche; Vorgabe einer Reaktion oder Partialreaktion, das Reaktionszentrum sollte markiert sein (mapping, vgl. Build); gesucht wird nach allen Substrukturen (im Gegensatz zu "Subset").

SImilar - Suche nach ähnlichen Strukturen bzw. Reaktionen

SSS - Molekül-Substruktursuche (vgl. Build)

SUbset - Suche exakt nach angegebenen Reaktanden/Produkten

(im Gegensatz zu RSS, das nach Substrukturen sucht; Query-Optionen hier nicht erlaubt)

TAutomer - Suche nach Tautomeren (Query-Optionen nicht erlaubt)

Ref=List - Festlegung der Such-Domäne,

Ref=0 bzw. m0 bzw. r0 (löscht Suchdomäne, oder DeleteL ref),

Ref=L3 (weitere Suche nur in Liste 3).

DB - wechselt Datenbank (Trefferlisten werden gelöscht!)

DeleteL - (DeleteList) löscht Trefferlisten (Ln) bzw. ref (Such-Domäne)

IndexData - Liste der kompletten Datentyp-Baumnamen

IndexFull - Liste der Datentyp-Namen, Nummern und Spezifikationen

Search: indexfull

daten-deskriptor /out dateiname

IndexKeys - Liste der REACCS-Schlüsselnummern (s.u.)

IndexList - kurze Beschreibung der temporären Listen

Konversions-Suche (grafisch oder über Tastatureingabe)

CurAsAgt (grafisch) : current as agent (= reactant, catalyst, solvent);

nur exakte Moleküle (ohne Query-Optionen)

CurAsPrd (grafisch) : current as product

(nur exakte Moleküle ohne Query-Optionen)

item as target (Tastatureingabe):

item: current, subset, formula, isomer, SSS, tautomer, RSS;

datensuche, dateiname, Ln, Qn.

target: reactant, catalyst, solvent, product, agent

Beispiele:

current as reactant

subset=Q3 as catalyst

formula=[Na]CN as solvent

isomer as product

SSS as agent

tautomer as product

RSS as solvent

YIELD>90 as reactant

myfile.lst as product

L3 as solvent

Q4 as product

Kombinations-Suche: AND OR NOT (MINUS)

Verknüpfung von Suchanweisungen, z.B.:

L1 and L2

Q3 as reactant or RSS=current

L3 not YEAR<1970

Key (Suche nach Schlüsselnummern, vgl. IndexKeys und Manual)

Search: keys= 5,29 (Sauerstoff UND 6-gliedriger Ring)

keys= [5,29] (Sauerstoff ODER 6-gliedriger Ring)

keys= <5,29> NICHT (Sauerstoff oder 6-gliedriger Ring)

VIEWLIST Mode

All (Tastatureingabe) - sequentielle Anzeige aller Strukturen (hierzu Timer-Option)

First - erster Eintrag

Item - Eintrag Nummer

NExt - nächster Eintrag

PRev - voriger Eintrag

Query - letzte zu suchende Struktur bzw. Reaktion

REGno - Eintrag mit spezifizierter Registriernummer

TAble - Datentabelle (vgl. "Set") der aktuellen Liste

View: table /out filename (Ausgabe auf eine Datei)

DAta - Anzeige der spezifizierten Daten oder aller Daten [@]

NExt VARIATION - Daten der nächsten Variation

OMit - entfernt unerwünschte Einträge aus der Liste

LIst - definiert Liste als aktuelle Liste (zur Anzeige)

DEletelist - löscht Referenz-Liste (ref oder 0) oder temporäre Liste (Ln)

IndexData - Liste der kompletten Datentyp-Baumnamen

IndexFull - Liste der Datentyp-Namen, Nummern und Spezifikationen

IndexList - kurze Beschreibung der temporären Listen

PLOT Mode

1. Formatierung und Erscheinungsbild festlegen,

2. Struktur, Reaktion oder Liste wählen,

3. Plot abschicken (Device; Plot); hier nur Device=3 (Meta-File)

Hinweis: Nach Verlassen von REACCS wandelt man Meta-Dateien mittels METPS in PostScript-Dateien um,

METPS MET001.DAT erzeugt QMS001.EPS (ggf. weitere);

die *.EPS-Daten müssen zu einem PostScript-Drucker (QMS) geschafft werden (QMS QMS001.EPS, jedoch Drucker z.Zt. nicht an die VAX angeschlossen!)

Formatierung

LAbels : Wasserstoffatomsymbole ausgeben

NEwpage : erzwungener Seitenvorschub

Numbers : Atome numerieren

1 2 4 : Plots pro Seite

Truncate : Substrukturen abkürzen

Selektion

Current : aktuelle Struktur bzw. Reaktion

FINDMol : Molekül aus Datenbank

(über ID, Symbol oder Formula, vgl. "Main: Find Molecule")

FINDRxn : Reaktion aus Datenbank (vgl. "Main: Find Reaction")

REAdfile : Plot-Ausgabe einer mol-, rxn- oder query-Datei (Qn)

LIst : Plot-Ausgabe der Liste

FORMS Mode

SETTINGS (Set)

DAtadisplay - an- oder abschalten

FInddata - Datenanzeige im Hauptmenü an- oder abschalten

FOrmfile - Anzeigeformular wählen

MOLExtreg - Default-Datentyp für Molekül-ID

MOLInfo - nicht-grafische Charakterisierung von Molekülen

RXNExtreg - Default-Datentyp für Reaktions-ID

ADdress - Adresse, die auf Plots gedruckt wird

Initials - Initialen (für mol-, rxn- und list-Dateien)

NAme - Name, der auf Plots gedruckt wird

PLotdisplay - Terminal-Anzeige von geplotteten Listeneinträgen

DBaselist - legt Datenbanken für globale Suche fest

Globalsearch - automatische Suche über mehrere Datenbanken

MOLSim - Prozent Ähnlichkeit für Molekül-"Similar"-Suche

RXNSim - Prozent Ähnlichkeit für Reaktions-"Similar"-Suche

STereosearch - stereochemische Suchkriterien

VIewhits - Anzeige während einfacher Suchen

REadupr - lädt ein Benutzerprofil

Writeupr - speichert aktuelle Einstellungen als Benutzerprofil

AAmaps - Atom-Atom-Mapping-Nummern anzeigen

LAbels - Wasserstoffatome und freie Valenzen anzeigen

NUmbers - alle Atome numerieren

RXNCenter - monochrome Bildschirme: Buchstabenmarkierung von Reaktionszentren

TRuncate - gängige Substrukturen durch Abkürzungen ersetzen

ERrorfile - Fehlermeldungen in Datei schreiben

SCroll - Anzahl der Zeilen in rollendem Fenster