Zweck: chemisches Datenbankprogramm (unter MS-DOS) zum Verwalten von Molekülen (Strukturen, Daten) und Reaktionen.
Beim Start erscheint das Hauptmenü (ChemBase Main Menu): oben die (zweiteilige!) Menüleiste, in der Mitte das Standard-Formblatt, unten die Statuszeile. Menü-Optionen werden durch Anklicken mit der Maus gewählt.
Programm beenden: "Exit DOS" anwählen.
Retrieve ID all => die gesamte Liste wird hereingeholt. Das erste Molekül (Alanin) wird auf dem Formblatt angezeigt (ID, Datum, Strukturformel, Name, Summenformel, Molmasse, Schmelzpunkt, Siedepunkt, andere Namen).
Nächstes Molekül mit Cursor-Taste Pfeil-nach-unten (vorhergehendes mit Pfeil-nach-oben) anzeigen.
View Table => zeigt die Tabelle an; das aktuelle Molekül wird durch einen Leuchtbalken hervorgehoben. Weiterblättern durch Drücken der Taste Bild-nach-unten (zurück mit Bild-nach-oben, ans Ende mit Strg-Ende).
Durch Anklicken mit der Maus kann ein anderes Molekül ausgewählt und mit "View Form" angezeigt werden.
Clear List, Clear Entry => Liste und aktuellen Eintrag löschen.
Hinweis: vordefinierte Strukturelemente (Ringe, Polycyclen, Ketten, funktionelle Gruppen) lassen sich aus der Bibliothek "Template' abrufen.
Prinzip: erst wird das Bindungsgerüst gezeichnet, z.B. mit "Draw Continuous" (jeder Mausklick setzt eine Atomposition, die Atome sind der Reihe nach miteinander verbunden; bei "Draw Normal" müssen Start und Ziel angeklickt werden, zwischendurch Maustaste loslassen); als Voreinstellung werden C-Atome angenommen, die Auffüllung mit Wasserstoffatomen erfolgt automatisch. Abbruch mit ESC. Andere Atomsorten oder Bindungsarten werden anschließend eingetragen.
Doppelbindungen (bzw. Dreifachbindungen u.a.): "Bond Double" wählen, auf die betreffende Bindung zeigen; die verknüpften Atome werden hervorgehoben; Bindung anklicken.
Heteroatome mit "Atom" wählen, betreffende Position anklicken; ggf. das Periodensystem mit "Atom Other" anwählen.
Nachträgliches Verschieben mit "Move Atom" bei niedergedrückter Maustaste möglich.
Gruppen: funktionelle Gruppen sind erst vollständig einzugeben; anschließend können sie mit "Group Abbreviate" abgekürzt werden.
Clean All => bringt die Strukturformel in eine saubere Form (aber Vorsicht bei Cyclohexan-Sesseln u.ä.!).
Done => beendet die Editor-Sitzung, übernimmt das Molekül. Summenformel und Molmasse werden automatisch berechnet.
Template: Strukturelemente können aus der Bibliothek abgerufen werden; die Verknüpfung erfolgt entweder durch Verbinden zweier Atome oder durch Verschmelzen zweier Bindungen.
Rotate Bond H => bringt Bindung in horizontale Lage (V: vertikal).
Draw Rubberband: beim Hinzufügen einer Bindung bleibt die Maustaste gedrückt.
"Move": mit niedergedrückter Maustaste können Objekte verschoben werden.
Done => zurück ins Hauptmenü; jetzt wird das Reaktionsformblatt angezeigt.
"Search SSS/RSS" (substructure search/reaction substructure search) wählen. Bei "View Molecule" erfolgt "SSS", bei "View Reaction" "RSS". Auch Suche nach "Atom Value" (s.u.).
"Search TSS" = "Transform Substructure Search" => sucht nach einer Umwandlung (z.B. Keto -> sek. Alkohol)
C6 Br0 - alle Moleküle mit exakt 6C, ohne Br
C(6-8) - Bereich: 6..8 C-Atome
<field name><num. op.><number>
<field name> : "string"
<num. op.> : = < > <> <= >=
logische Verknüpfungen: AND OR NOT
<field name> (Tutorial) : CRC Number, Name, Alternate Names, Description, Melting Point, Boiling Point, Density, Entry Date
<field name> (Field keywords): *mol.weight, *stext
*stext : search string (text descriptor, atom alias, group abbreviation in Strukturformel)
boiling point < 65
melt >10 and melt <40
*mol.weight > 500
(yield > 50) and (yield < 80)
name = benz (sucht nach "benz" am Namensanfang!)
name : benzene
name : "furan" and not name : "methyl"
SDfile: MACCS-II Format (ASCII) *.SDF
RDfile: REACCS Format (ASCII) *.RDF
Set Domain: Begrenzt den Datensatzbereich für weitere Suchoperationen (zurücksetzen mit "Clear Domain").
C-13-NMR-Daten etc.: Werte lassen sich in "Edit Molecule" über "Atom Value" eintragen (sie erscheinen als Index <...>); Suche danach (auch von Bereichen) ist möglich, indem in "Edit Molecule" ein Atom erzeugt und mit dem Wert (bzw. Bereich) versehen wird.
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