Anm.: Dieser Text enthält z.Zt. nur einige Informationen, die speziell Alchemy III für MS Windows betreffen. Im übrigen sei auf die Beschreibung zu Alchemy II verwiesen.
Alchemy III ist ein Molecular-Modelling-Programm für PCs unter MS Windows von Tripos, Inc.. Es erlaubt u.a. die Konstruktion von Molekülmodellen am Bildschirm ähnlich einem Molekülbaukasten, Drehungen der Drahtgittermodelle, verschiedenartige Darstellungen (Kugel-Stab- oder Kalottenmodell, Zylindermodell) sowie die Geometrieoptimierung mit Hilfe von Kraftfeldrechnungen ("Minimize").
Programmstart unter Windows NT: Start 
Programme Chemistry
Alchemy. Standardmäßig werden vier Fenster geöffnet, neben dem
Hauptfenster, das zur Darstellung und Manipulation der Moleküle dient,
ein Hilfsfenster (Aux) für Molekülbausteine, eine Steuerungsbox (Gadgets)
und ein Fenster für Meldungen (Messages).
Open, Save (As Molecule, Fragment), Sybyl, MM2, Open PDB File, Crystal, Print Main Window, HPGL Setup, Create HPGL File, Quit
Undo, Cut, Copy Main, Paste, Clear
Display Labels, Label Types (Atom Type, ID, Formal Charges, Point Charges), View (Stereo, Ortho, Mono), Color (-> Select color from menu), Spacefill, Ball and Stick, Cylinders, Depth Cueing, Perspective, Show Gadget Box, Show Message Area, Relaxed, Crossed, Reset Global, Reset Relative, Reset Scale, Configure System
Add (Hydrogens, Unfilled Valences, Fragment ...), Delete (Atom, Molecule, Hydrogens), Connect, Disconnect, Center (Atom, Molecule), Duplicate, Move [Molecule], Measure (Length, Angle, Torsion), Alter (Length, Angle, Torsion), Twist, Chiral, Fit, Fuse, Charge (Calculate Formal Charges, Enter Formal Charges, Compute Charges, Clear All Charges), Minimize
Im Hauptfenster kann man mit Hilfe der Maus Moleküle rotieren, in der Größe ändern oder verschieben.
mit gedrückter linker Maustaste
rotieren
Größe ändern
verschieben
findet man ("File Open") unter:
c:\progra~1\molmod\a3win\mol
c:\progra~1\molmod\a3win\frag
mit dem Alchemy-Geometrie-Optimierer MINIMIZE. Minimiert wird die potentielle Energie des Moleküls:
E = Estr + Eang + Etor + Evdw + Eoop + Eel
(str: Bindungsdehnung, ang: Bindungswinkeldeformation, tor: Torsionswinkeldeformation, vdw: van-der-Waals-Wechselwirkungen, oop: out-of-plane-Verbiegung, el: elektrostatische Wechselwirkung)
1. Dehnung: Estr = (sum)i {1/2} kid (di - di0)2
(di: Bindungslänge in Å, di0: Gleichgewichtsbindungslänge in Å, kid: Kraftkonstante in kcal/Å2·mol; s. Datei MINBND.TAB)
2. Winkeldeformation:
Eang = (sum)i {1/2} ki
(i - i0)2
(i: Bindungswinkel in Grad, i0:
Gleichgewichtsbindungswinkel in Grad, ki:
Kraftkonstante in kcal/Grad2·mol; s. Datei MINANG.TAB)
3. Torsion: Etor = (sum)i {1/2} ki(1 + sign(peri) × cos(|peri|× wi))
(wi: Torsionswinkel in Grad, ki: Kraftkonstante in kcal/mol, peri: Periodizität; s. Datei MINTOR.TAB)
4. van der Waals (Lennard-Jones-Potential): Evdw = (sum)i (sum)j Eij(1/aij12 - 2/aij6)
(summiert wird über 1-4 und entferntere Wechselwirkungen; Eij: van-der-Waals-Konstante in kcal/mol, aij = rij/(Ri + Rj): relativer Abstand, Ri: van-der-Waals-Radius in Å; s. Datei MINVDW.TAB)
5. out-of-plane:
Eoop = (sum)i {1/2} ki
di2
(ki: out-of-plane-Verbiegungskonstante in
kcal/Å2·mol; bei trigonalen Atomen, z.B. aromat. C,
ist di die Höhe des Zentralatoms über der Ebene seiner
Substituenten in Å; s. MINOOP.TAB)
6. elektrostatische Wechselwirkung (Coulomb): Eel = (sum)i (sum)j {qiqj/D · rij}
| C3 | Kohlenstoff-sp3 | S3 | Schwefel sp3 (Sulfid) |
| O3 | Sauerstoff-sp3 | S2 | Schwefel sp2 |
| N3 | Stickstoff-sp3 | SO | Schwefel Sulfoxid |
| H | Wasserstoff | SO2 | Schwefel Sulfon |
| CAR | Kohlenstoff aromat. | F | Fluor |
| C2 | Kohlenstoff-sp2 | CL | Chlor |
| C1 | Kohlenstoff-sp | BR | Brom |
| O2 | Sauerstoff-sp2 | I | Iod |
| N2 | Stickstoff-sp2 | K | Kalium |
| N1 | Stickstoff-sp | NA | Natrium |
| NAR | Stickstoff aromat. | FE | Eisen |
| NPL3 | Stickstoff trigonal planar | LI | Lithium |
| NAM | Stickstoff Amid | AL | Aluminium |
| N3+ | Stickstoff sp3 positiv geladen | SI | Silicium |
| DU | Dummy-Atom | CA | Calcium |
| P3 | Phosphor tetravalent | LP | Elektronenpaar (lone pair) |
| P4 | Phosphor pentavalent | ~ | System-Atomtyp |
| * | System-Atomtyp | ||