quanta

Programmname:
quanta
Kurzbeschreibung:
Molecular Modelling
Version:
3.2 bzw. 3.3.1
Voraussetzungen:
GL, Lizenz [6 float für harpo + 1 fixed für kratky vorhanden, davon je eine für AG Knapp und Bradaczek und fünf für CIP/Lehre]
source /software/quanta-3.2/setquanta
bzw. source /software/quanta-3.3/setquanta
Aufruf:
quanta
Information:
Sehr ausführliche Dokumentation im Rechnerraum von Harpo und Chaplin (3.2 und 3.3). Dokumentation für 3.2 auch im Terminalraum der Kristallographie
Beispiele, Bibliothek:
Zahlreiche unter /software/quanta-3.[23]/*
Demo, Tutorial:
in der Dokumentation enthalten
Lokation:
/software/quanta-3.2 bzw. ~qinstall
bzw. /software/quanta-3.3 bzw. ~msi
Ansprechpartner:
Heiko Schlichting [heiko]
Bemerkungen:
Quanta 3.2 incl. MSL-charmm 21.3
Quanta 3.3.1 incl. MSL-charmm 22
Zusatzinformationen:
Quanta legt beim Starten im aktuellen Verzeichnis zahlreiche Konfigfiles an, sofern diese nicht vorhanden sind. Empfehlung: in einem speziellen Quanta-Verzeichnis starten. Die beiden Versionen von Quanta können maximal 15.000 Atome einlesen.

Einige Hinweise zu Quanta

Programmstart
Zunächst sollte man ein eigenes Verzeichnis für die persönlichen Quanta-Dateien anlegen, z.B. ~/quanta:
cd
mkdir quanta (nur beim ersten Mal!)
cd ~/quanta
source /software/quanta-3.3/setquanta
quanta
Import/Export fremder Datenformate
folgende Datenformate werden unterstützt:
MDL (.mol), QM (.qmc), PDB (.pdb), Cambridge FDAT (.dat), Charmm CRD (.crd), CSSR fractional coordinates (.xr), Gromos (.gro).
PDB-Problem (> 99 Atome): bei mehr als 99 Atomen wird eine fehlerhafte PDB-Datei erzeugt. Ausweg: Charmm CRD erzeugen, Konvertierung mit Hilfe des Shell-Scripts "crd2pdb".
Import
Menü File Import (z.B. MDL 2D/3D)
Read Molecule into New MSF
Rotation von Molekülen
mittlere Maustaste: xy-Rotation
rechte Maustaste: z-Rotation
oder "Dials" benutzen
Verschieben von Molekülen
Shift-Taste+mittlere Maustaste: xy-Translation
Shift-Taste+rechte Maustaste: z-Translation
oder "Dials" benutzen
Kraftfeld-Rechnung
(Hinweis: Das MM2-Modul steht nicht zur Verfügung)
Menü Modeling, CHARMm Minimization
Hinweis für Organiker: da das Programm biochemisch orientiert ist, sind die implementierten Kraftfeldparameter für typische organische Moleküle leider sehr unvollständig.
Darstellung in ansprechender Form
über Menü Draw
Hinweis: "Dot Surfaces" sind interaktiv frei drehbar, "Solid Models" auch (aber langsam!), "Raster Models" aber nicht.
PostScript-Plots
Menü File, Generate Plots, PS
Photo Mode
zurück mit SET COLO MENU RESET

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Burkhard Kirste, 1994/02/24