quanta

• Sofort zu: Hinweise zu Quanta

Programmname:

quanta

Kurzbeschreibung:

Molecular Modelling

Version:

3.2 bzw. 3.3.1

Voraussetzungen:

GL, Lizenz [6 float für harpo + 1 fixed für kratky vorhanden, davon je eine für AG Knapp und Bradaczek und fünf für CIP/Lehre]

source /software/quanta-3.2/setquanta

bzw. source /software/quanta-3.3/setquanta

Aufruf:

quanta

Information:

Sehr ausführliche Dokumentation im Rechnerraum von Harpo und Chaplin (3.2 und 3.3). Dokumentation für 3.2 auch im Terminalraum der Kristallographie

Beispiele, Bibliothek:

Zahlreiche unter /software/quanta-3.[23]/*

Demo, Tutorial:

in der Dokumentation enthalten

Lokation:

/software/quanta-3.2 bzw. ~qinstall

bzw. /software/quanta-3.3 bzw. ~msi

Ansprechpartner:

Heiko Schlichting [heiko]

Bemerkungen:

Quanta 3.2 incl. MSL-charmm 21.3

Quanta 3.3.1 incl. MSL-charmm 22

Zusatzinformationen:

Quanta legt beim Starten im aktuellen Verzeichnis zahlreiche Konfigfiles an, sofern diese nicht vorhanden sind. Empfehlung: in einem speziellen Quanta-Verzeichnis starten. Die beiden Versionen von Quanta können maximal 15.000 Atome einlesen.

Einige Hinweise zu Quanta

Programmstart

Zunächst sollte man ein eigenes Verzeichnis für die persönlichen Quanta-Dateien anlegen, z.B. ~/quanta:

cd

mkdir quanta (nur beim ersten Mal!)

cd ~/quanta

source /software/quanta-3.3/setquanta

quanta

Import/Export fremder Datenformate

folgende Datenformate werden unterstützt:

MDL (.mol), QM (.qmc), PDB (.pdb), Cambridge FDAT (.dat), Charmm CRD (.crd), CSSR fractional coordinates (.xr), Gromos (.gro).

PDB-Problem (> 99 Atome): bei mehr als 99 Atomen wird eine fehlerhafte PDB-Datei erzeugt. Ausweg: Charmm CRD erzeugen, Konvertierung mit Hilfe des Shell-Scripts "crd2pdb".

Import

Menü File Import (z.B. MDL 2D/3D)

Read Molecule into New MSF

Rotation von Molekülen

mittlere Maustaste: xy-Rotation

rechte Maustaste: z-Rotation

oder "Dials" benutzen

Verschieben von Molekülen

Shift-Taste+mittlere Maustaste: xy-Translation

Shift-Taste+rechte Maustaste: z-Translation

oder "Dials" benutzen

Kraftfeld-Rechnung

(Hinweis: Das MM2-Modul steht nicht zur Verfügung)

Menü Modeling, CHARMm Minimization

Hinweis für Organiker: da das Programm biochemisch orientiert ist, sind die implementierten Kraftfeldparameter für typische organische Moleküle leider sehr unvollständig.

Darstellung in ansprechender Form

über Menü Draw

Hinweis: "Dot Surfaces" sind interaktiv frei drehbar, "Solid Models" auch (aber langsam!), "Raster Models" aber nicht.

PostScript-Plots

Menü File, Generate Plots, PS

Photo Mode

zurück mit SET COLO MENU RESET