KOORD: Koordinaten-Formate
Autor: B. Kirste
Zweck: Umwandlung verschiedener Formate von Molekuelkoordinaten
Aufruf: "koord" (interaktiv) oder mit Parametern (Optionen: koord -h)
Online-Hilfe
usage: koord in_file in_type out_type [out_file] [offset]
WARNING: 'in_file' is overwritten if 'out_file' not given!
or interactive mode: koord
Eingabeformate fuer Atomkoordinaten:
M: Molekuel (KOO)
L: Liste (LST)
Z: mopac Z-matrix
R: z-matRix (Z)
S: moses-DAT
O: moses zmatrix
X: X-Ray fraktionelle Koordinaten (nur Eingabe)
C: CSSR Kristallstrukturdaten (XR) (nur Eingabe)
H: Schakal (SCK)
P: Pz-Orbital-Liste (PZL)
Y: crystal (CRY) (nur Eingabe, fuer Alchemy)
A: Alchemy
D: MDL (MOL; MACCS, CPSS ChemBase)
E: C-Design extern (nur Ausgabe)
I: INDO/SP (nur Ausgabe)
F: Chemograph (neu)
M: Molekuel (KOO)
1. Zeile "Molekuele 3D 2.10/1987",
2. Zeile "Koordinaten",
3. Zeile Kommentar,
4. Zeile Atomanzahl,
5. Zeile ( 9., 13.,...) Atomsymbol,
6. Zeile (10., 14.,...) x-Koordinate,
7. Zeile (11., 15.,...) y-Koordinate,
8. Zeile (12., 16.,...) z-Koordinate
Molekuele 3D 2.10/1987
Koordinaten
Cyclohexan MNDO
18
C
0.000000
0.000000
0.000000
...
L: Liste (LST)
1. Zeile Kommentar,
2. Zeile Atomanzahl,
3. Zeile ff.: Lfd.Nr. Atomsymbol x y z
p-Benzosemichinon
12
1 C -0.7880 -1.2437 0.0000
...
Z: mopac Z-matrix
1. Zeile: Schluesselwoerter
2. Zeile: Kommentar
3. Zeile: Kommentar
4. Zeile ff.: Ordnungszahl r * phi * theta * B C D
(*: 0 oder 1, 1=optimieren;
neues Atom A, Sequenz A-B-C-D, theta im Korkenziehersinn)
Leerzeile
ggf. Symmetriebeziehungen
Leerzeile
SYMMETRY
Formaldehyde, for Demonstration Purposes
O
C 1.20 1 1
H 1.10 1 120.00 1 2 1
H 1.10 0 120.00 0 180.00 0 2 1 3
3, 1, 4,
3, 2, 4,
R: z-matRix (Z)
1. Zeile "Molekuelkoordinaten im Z-Format",
2. Zeile Kommentar,
3. Zeile Atomanzahl,
4. Zeile ff.: Lfd.Nr. Atomsymbol B C D r phi theta
(neues Atom A, Sequenz A-B-C-D, theta im Korkenziehersinn)
Molekuelkoordinaten im Z-Format
p-Benzosemichinon
12
1 C 0 0 0 0.0000 0.0000 0.0000
2 C 1 0 0 1.4703 0.0000 0.0000
3 C 2 1 0 1.3727 122.3630 0.0000
4 C 3 2 1 1.4710 122.1971 0.0000
...
S: moses-DAT
1. Zeile ff.: Ordnungszahl x y z 1. 0. 0. 0. 1. 0. 0. 0. 1.
6 .00000 .00000 .00000 1. 0. 0. 0. 1. 0. 0. 0. 1.
6 1.47032 .00000 .00000 1. 0. 0. 0. 1. 0. 0. 0. 1.
6 2.20508 1.15945 .00000 1. 0. 0. 0. 1. 0. 0. 0. 1.
...
O: moses zmatrix
1. Zeile ff.: Ordnungszahl lfd.Nr. Nr. r 0 phi 0 theta 0 B C D
(neues Atom A, Sequenz A-B-C-D, theta im Korkenziehersinn)
6 1 1 0.00000 0 0.00000 0 0.00000 0 0 0 0
6 2 2 1.47032 0 0.00000 0 0.00000 0 1 0 0
6 3 3 1.37266 0 122.36302 0 0.00000 0 2 1 0
6 4 4 1.47100 0 122.19710 0 0.00000 0 3 2 1
...
X: X-Ray fraktionelle Koordinaten (nur Eingabe)
1. Zeile Kommentar,
2. Zeile: a b c,
3. Zeile: alpha beta gamma,
4. Zeile ff.: Atomsymbol xfr yfr zfr
C: CSSR Kristallstrukturdaten (XR) (nur Eingabe)
REFERENCE STRUCTURE = 3620 A,B,C = 15.105 20.729 12.721
ALPHA,BETA,GAMMA = 90.000 112.050 90.000 SPGR = 14 P21/C
97 0 CODEN=BZOEPR10 SYMOPS=50042
40 RFAC= 4.7 ERRFLAG=0 (C-C)ESD=0
1 C1 1.74900 0.48980 0.33090 2 20 21
2 C2 1.84590 0.46580 0.36750 1 3 34
3 C3 1.85010 0.41410 0.43700 2 4 36
...
H: Schakal (SCK)
1. Zeile: CELL a b c alpha beta gamma,
2. Zeile ff.: AT AtomsymbolNr. xfr yfr zfr,
n. Zeile: END
CELL 15.105 20.729 12.721 90.000 112.050 90.000
AT C1 1.74900 0.48980 0.33090
AT C2 1.84590 0.46580 0.36750
AT C3 1.85010 0.41410 0.43700
...
END
P: Pz-Orbital-Liste (PZL)
1. Zeile Kommentar,
2. Zeile Atomanzahl,
3. Zeile ff.: Lfd.Nr. Atomsymbol x y z px py pz
(px, py, pz definieren die p_z-Richtung als Einheitsvektor)
p-Benzosemichinon
12
1 C -0.7880 -1.2437 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000
2 C 0.6823 -1.2437 0.0000 0.0000 0.0000 -1.0000
...
Y: crystal (CRY) (nur Eingabe, fuer Alchemy)
1. Zeile: a b c alpha beta gamma,
2. Zeile ff.: spez.Atomsymbol xfr yfr zfr
12.312 4.959 15.876 90.000 99.070 90.000
O2 0.1718 1.3673 0.1780
O2 0.2465 1.1667 0.4438
O2 0.5654 0.8937 0.3705
...
A: Alchemy
21 ATOMS, 21 BONDS, 0 CHARGES, ASPIRIN
1 CAR -2.1016 -1.1628 -0.4897 -0.0592
2 CAR -1.5789 -2.3192 0.0985 -0.0608
...
6 6 1 AROMATIC
7 7 4 SINGLE
8 8 7 DOUBLE
D: MDL (MOL; MACCS, CPSS ChemBase)
1. Zeile: Molekuelname
2. Zeile: Header
3. Zeile: Kommentar
4. Zeile: NA NB (I3I3 Atomanzahl Bindungsanzahl)
5. Zeile ff.: x y z Atomsymbol
(5+NA). Zeile ff.: AtomA AtomB Bindungsordnung
13852 MHXBEN 1-METHYL-4-HEXYLBENZENE (AT LIQUID NITROGEN TEMP)
BKMACCS-II07169112313D 1 0.00333 0.00000
33 33 0 0 0 0 0
-1.7308 0.2328 -4.1182 C 0 0 0 0 0
-2.0591 0.7619 -2.8807 C 0 0 0 0 0
-1.3102 0.5107 -1.7554 C 0 0 0 0 0
...
1 2 4 0 0 0
1 6 4 0 0 0
1 13 1 0 0 0
Eingabeformate fuer Bindungen:
M: Molekuel (BIN)
S: moses BONDMAT
M: Molekuel (BIN)
1. Zeile "Molekuele 3D 2.10/1987",
2. Zeile "Bindungen",
3. Zeile: Bindungsanzahl,
4. Zeile (6., 8., ...) Atom A,
5. Zeile (7., 9., ...) Atom B
Molekuele 3D 2.10/1987
Bindungen
12
1
2
1
6
...
S: moses BONDMAT
1. Zeile ff.: ATOM lfd.Nr. OZ (Ord.zahl) BONDMAT Koord.zahl : A B C D
ATOM 1 OZ ( 6) BONDMAT 3 : 2 6 7 0
ATOM 2 OZ ( 6) BONDMAT 3 : 1 3 9 0
ATOM 3 OZ ( 6) BONDMAT 3 : 2 4 10 0
...
____________________Burkhard Kirste, 1993/06/07