isis_draw, mdldraw
- Programmname:
- isis_draw mdldraw ISIS/Draw
- Kurzbeschreibung:
- chem. Strukturformeln, 2D-Struktureditor
- Version:
- 1.1
- Voraussetzungen:
- - z.Zt. nur unter IRIX-5.3 lauffähig (COFF Binaries) -
- X11 (Achtung: "DISPLAY=:0" führt zu Problemen;
Ausweg an der Workstation: setenv DISPLAY localhost:0)
- Die Konfigurationsdatei isisdraw.cfg (Pfade für templates:
/software/isis/isis11/draw/templates/ und Help-File:
/software/isis/isis11/draw/help/isisdraw.hlp)
kann über den Menüpunkt Options Configure
(oder nach Anklicken von "Help") erzeugt werden.
- einfacher: Muster-Konfigurationsdateien in das Arbeitsverzeichnis
kopieren:
- /software/isis/isisdraw.cfg
- /software/isis/tpl.cfg
- Aufruf:
- isis_draw
- Information:
- Manual, Online-Hilfe
- Beispiele, Bibliothek:
- /software/isis/isis11/draw
- /software/isis/isis11/draw/templates/*.skc
- Lokation:
- /software/isis/isis11
- Zusatzinformationen:
- MDL Information Systems, Inc. (USA)
- fehlerhafte PostScript/EPS-Ausgabe:
- < /mdl_xdev 72 0 dtransform pop def
- < /mdl_ydev 0 72 dtransform exch pop def
- > /mdl_xdev 72 1 dtransform pop def
- > /mdl_ydev 1 72 dtransform exch pop def
Kurzanleitung für die PC-Version (31.03.93 BKi)
ISIS/Draw (MDL) ist ein unter MS Windows (bzw. OSF/Motif oder
Macintosh) laufendes Programm zum Zeichnen chemischer Formeln
(Strukturformeln, Reaktionsschemata sowie
Präsentationsgraphiken). Im Gegensatz zu anderen Programmen
dieser Art achtet ISIS/Draw auf die korrekte Chemie. Die
Dateien im MDL-Format (Molfile) sind kompatibel mit denen von
ChemBase, ChemText und REACCS. Sie können auch für
Datenbank-Recherchen verwendet werden. Menü- und Hilfe-Texte sowie
Dokumentation sind englisch.
Programmstart
- Unter MS Windows (Gruppe ISIS oder Chemie):
- Doppelklick auf das Symbol ISIS/Draw.
- Online-Hilfe (englisch):
- Anwählen des Menüs Help Index bzw.
Table of Contents oder Drücken der Funktionstaste F1.
- Dokumentation (englisch):
- Zum Lieferumfang gehören die Manuals
Quick Reference, Tutorial und Reference.
Einführung/Tutorial
- Maus:
- Alle zwei oder drei Maustasten haben die gleiche Wirkung.
Zu unterscheiden ist zwischen Anklicken, Doppelklicken, Shift-Klicken
(bei gleichzeitig gedrückter Shift-Taste) und Ziehen
(mit gedrückter Maustaste).
- Molecule/Sketch:
- Zum Zeichnen von Strukturformeln soll der
Punkt Molecule in der Menüzeile des Zeichenfensters aktiviert
sein.
- Templates (Schablonen):
- Es gibt zwei Arten von Schablonen:
solche auf der "Molecule"-Menüleiste (template tools) und
solche auf Schablonentafeln (template pages), die über das Menü
Templates abgerufen werden können. Um ein Objekt in die
Zeichenfläche zu übertragen, klickt man erst das Objekt an,
dann die Zeichenfläche. Falls dort schon eine Teilstruktur
vorhanden ist, muß man darauf achten, ob eine neue Bindung
zwischen zwei Atomen (A) geknüpft werden soll oder ob Bindungen
(B) verschmolzen werden sollen.
- Strukturformel (Beispiel):
- Anklicken des Benzolrings in der
Menüzeile, dann in die Mitte der Zeichenfläche klicken. Die
Benzolformel erscheint selektiert, erkennbar an den schwarzen
Punkten auf den Atompositionen und Bindungszentren. Steuert man
nun eine Bindung an (erkennbar am Auftauchen eines B) und
klickt darauf, so werden zwei Benzolringe zu Naphthalin
verschmolzen. Steuert man ein Atom an (erkennbar am Auftauchen
eines A) und klickt darauf, so wird eine Bindung unter Bildung
von Phenylnaphthalin geknüpft. Jetzt holt man sich eine
Carboxylgruppe aus dem Menü Templates Fx Groups, klickt auf der
Tafel das C-Atom der Carboxylgruppe an und anschließend ein
C-Atom in der Naphthalinformel auf der Zeichenfläche.
- Undo (Rückgängig):
- Das letzte Kommando kann über das Menü Edit
Undo (Alt-BkSpc) rückgängig gemacht werden.
- Selektieren (Markieren):
- Anklicken des Select-Symbols oben
links (Zeiger), dann Anklicken eines Atoms oder einer Bindung.
Das selektierte Objekt ist durch einen schwarzen Punkt (bzw.
durch inverse Darstellung) kenntlich gemacht. Mehrere Objekte
lassen sich dadurch selektieren, daß man die Shift-Taste
gedrückt hält, während man ein weiteres Objekt anklickt.
Alternativ kann man einen Ausschnitt dadurch selektieren, daß
man ein Rechteck darüber aufzieht (bei aktiviertem Zeiger-Symbol
mit gedrückter Maustaste); hierbei hat das gleichzeitige
Drücken der Shift-Taste dieselbe Funktion wie beim Anklicken.
Ein Molekül läßt sich durch einen Doppelklick darauf
selektieren, sämtliche Objekte über das Menü
Edit Select All.
- Löschen von Objekten:
- Entweder die Objekte selektieren und dann
das Menü Edit Cut (Shift-Entf) wählen oder das
Radiergummi-Symbol aktivieren und die zu löschenden Objekte anklicken.
- Bindungen zeichnen und editieren:
- Anklicken des Bindungssymbols
(z.B. C-C), dann auf ein vorhandenes Atom (bzw. die leere
Zeichenfläche) klicken. Läßt man die Maustaste sofort los, so
wird eine Standardbindung gezeichnet; sollte die
Bindungsrichtung nicht stimmen, so ist die Bindung zu löschen
und nochmals anzufügen. Oder man hält die Maustaste gedrückt,
bewegt den Mauszeiger zum Zielpunkt und läßt dann die Maustaste
los.
- Atome editieren:
- Doppelklick auf das Atom ausüben und die
Dialogbox ausfüllen. Oder Gruppen von Atomen selektieren und
das Menü Style Atom wählen.
- Speichern einer Zeichnung:
- über das Menü File Save (As). (Die
chemische Information bleibt erhalten.)
- Export im Molfile-Format:
- ein Molekül selektieren, Menü File
Export Molfile.
- Verschieben, Größenänderung:
- Bei aktiviertem Zeiger-Symbol
lassen sich die selektierten Objekte (ggf. das gesamte Molekül)
durch Ziehen mit der Maus verschieben. Zur Bearbeitung ganzer
Moleküle ist es sinnvoller, das Komponenten-Symbol (Zeiger in
Quadrat mit 8 Ziehpunkten) zu aktivieren und dann das Molekül
anzuklicken. Das selektierte Molekül kann nun verschoben oder
in seiner Größe verändert werden.
- Reaktionsschemata zeichnen:
- Hierzu benötigt man die
Strukturformeln der beteiligten Moleküle, die man ad hoc
zeichnen, über File Insert hinzuladen (anschließend mit
gedrückter Maustaste verschieben) oder mit Hilfe von Edit
Duplicate konstruieren kann. Wenn alle Moleküle vorhanden sind,
aktiviert man das Komponenten-Symbol und klickt dann alle
Moleküle in der richtigen Reihenfolge an; ab Komponente B muß
man dabei gleichzeitig die Shift-Taste drücken. Dann wählt man
den Menüpunkt Chem Reaction und klickt an die Stelle, an die
der Reaktionspfeil gehört. Anschließend können einzelne
Komponenten mit Hilfe des Komponenten-Symbols selektiert und
verschoben werden. (Die Definition eines Reaktionsschemas ist
eigentlich nur für Datenbankrecherchen wichtig.)
- Reaktionsschemata speichern:
- Reaktionsschemata können im
ISIS/Draw-eigenen Sketch-Format gespeichert (Menü File Save
(As)) oder nach Selektieren wahlweise im CPSS- oder
REACCS-RXN- Format exportiert werden (Menü File Export CPSS Rxnfile
bzw. REACCS Rxnfile).
- 3D:
- Es gibt auch eine 3D-Option. Insbesondere kann man 3D-Molfiles
importieren und rotieren (Menü Chem 3D 3D Rotate); das
Rotationssymbol ändert dann sein Aussehen und seine
Funktionsweise.
- Präsentationsgraphik:
- Zunächst sollte man darauf achten, daß
sinnvolle Strichstärken (z.B. Strichstärke 2 im Menü
Style Pen Width), Schriftarten (z.B. Helvetica für Atomsymbole)
und Schriftgrößen (z.B. 12 Punkt, Menü Style Size)
verwendet werden. Weitere Texte und Ornamente (Pfeile, Linien, Rahmen)
können im Sketch-Modus hinzugefügt werden. Ggf. läßt
sich ein Lineal einblenden. Schließlich sollen die Objekte angemessen
auf der Seite angeordnet werden. Zu diesem Zweck kann man die
Ganzseiten-Ansicht einschalten (Options Zoom 25%) und die
Objekte nach dem Selektieren entsprechend verschieben.
- Import/Export von Graphik (MS-Windows):
- über die Zwischenablage
(Clipboard). Zur Übertragung der Graphiken zwischen
verschiedenen Computertypen können TGF-Dateien dienen
(Transferable Graphics Format).
- Einbinden der Graphik in Word für Windows (MS Windows):
- Alles selektieren, in die Zwischenablage kopieren
(Menü Edit Copy bzw. Strg-Einfg), dann in WinWord
Bearbeiten Einfügen bzw. Strg-V (Shift-Einfg). Achtung: Bei
dieser Aktion wird die Grafik um
den Faktor 2 verkleinert! In WinWord sollte man daher die
Graphik markieren und über das Menü Format Grafik Höhe
und Breite auf 200% skalieren. In ISIS/Draw sollte man die 2.
Strichstärke wählen (Menü Style Pen Width), da die 1.
Strichstärke sehr feine Linien gibt (am Bildschirm nicht
unterscheidbar). Als Schriftart für die Atomsymbole kann man
z.B. Helvetica in der Größe 12 Punkt wählen. Nachbearbeitung
mit MS Draw ist zwar möglich, aber kaum empfehlenswert.
Menüs
- File:
- New, Open, Insert, Close, Save, Save As, Import (Molfile,
Rxnfile, TGFfile), Export (Molfile, CPSS Rxnfile, REACCS
Rxnfile, TGFfile), Page Setup, Print, Exit
- Edit:
- Undo, Cut, Copy, Paste, Clear, Select All, Select Chem
Group, Duplicate
- Options:
- Zoom, Show/Snap Grid, Show Ruler, Snap To Ruler, Snap
To Object, Grid Settings, Ruler Settings, Preferences,
Configure
- Object:
- Bring To Front, Send To Back, Align, Flip (Horizontal,
Vertical, Chem Group), Rotate (Bond H, Bond V), Scale (Std
Bond, Fit Screen, Percent), Group, Ungroup, Lock, Unlock, Crop,
Reshape, Smooth, Unsmooth, Snap To Grid
- Style:
- Atom, Bond, Font, Size, Opaque, Fill Pattern, Fill
Color, Pen Width, Pen Color, Line, Arrow, Text Align, Revert To
Default
- Templates:
- File, Rings, Polycyclics, Chains, Fx Groups
- Chem:
- Reaction, R-Query, 3D, Superatom, Chiral Flag, Hydrogens,
Numbers, Link Node, Group Mols, Ungroup Mols, Layout, Renumber
- Window:
- Tile, Cascade, Arrange Icons, Close All, List of
Windows
- Help:
- Index, Table of Contents, Last Topic, About
Burkhard Kirste, 1995-04-03, 1997-04-18