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CSD - Cambridge Structural Database

Hinweise zum Einstieg

Die lizenzierte CSD-Datenbank ist im ChemNet auf dem Linux-Rechner pauling2 (pauling2.chemie.fu-berlin.de) installiert. Am einfachsten ist der Zugang von einem anderen Unix- oder Linux-Rechner aus. Man gibt in einem Terminalfenster folgendes Kommando ein:

   ssh -X pauling2.chemie.fu-berlin.de

Bei entsprechender Setzung der Default-Domain reicht auch die Angabe "ssh -X pauling2".

Für den Zugang von einem MS Windows Rechner aus empfiehlt sich die Verwendung der kostenlos erhältlichen Software Xming/XLaunch (Wikipedia:Xming). Die Software lässt sich von Sourceforge herunterladen.

Zugang mittels XLaunch: Multiple windows, Weiter; Start a program, Weiter; Using PuTTY (bzw. SSH), Connect to computer pauling2.chemie.fu-berlin.de, Weiter; Weiter; Fertig stellen. Das Einloggen erfolgt dann mit der ChemNet-Benutzerkennung für Unix/Linux. (Vorsicht: Das Kennwort für die ChemNet-Windows-Domain ist möglicherweise ein anderes. Der Zedat-Account ist hier irrelevant.)

Aufruf der CSD-Datenbank auf pauling2

   source /software/csdsystem/csdsetup
   cq &

(Hinweise: Das lästige Eintippen des ersten Kommandos, mit dem wesentliche Umgebungsvariablen gesetzt werden, kann man sich ersparen, wenn man es in das Startskript .cshrc schreibt. "cq" steht für "conquest", muss aber in dieser Kurzform eingetippt werden.)

Hinweise zur direkten Verwendung von Xming

Die Verwendung von XLaunch lässt sich vermeiden, wenn man wie folgt vorgeht. Zunächst schaltet man die xhost-Kontrolle in Xming ab, was allerdings ein gewisses Sicherheitsrisiko darstellt: Xming mit der rechten Maustaste anklicken, Eigenschaften - Verknüpfung - Ziel: "-ac" ergänzen (also Ziel: C:\Programme\Xming\Xming.exe :0 -clipboard -multiwindow -ac). Sodann verbindet man sich über "puTTY" (ssh) mit pauling2. Dort muss man dann noch die DISPLAY-Variable entsprechend setzen (Schema: setenv DISPLAY meinrechner:0).

Burkhard Kirste, 2013-09-27

Hinweise zur Benutzung der CSD-Datenbank (z.T. veraltet)

Programmnamen:: quest (vista gstat pluto)
Kurzbeschreibung:: CSD (Cambridge Structural Database System) ist eine Datenbank, die Einträge von ca. 120.000 Kristallstrukturen, vorwiegend organischen und metallo-organischen Verbindungen, enthält. Fast alle Einträge enthalten dreidimensionale Atomkoordinaten sowie Zell-, und Raumgruppeninformationen. Die meisten Daten basieren auf Röntgenstrukturanalysen, einige sind durch Neutronenbeugung gewonnen. Mit dem Programm quest können differenzierte Suchvorgänge durchgeführt werden; ferner stehen die Programme gstat für eine vergleichende Auswertung, Pluto für die graph. Darstellung von Molekülen sowie Vista zur statistischen Auswertung zur Verfügung.
Voraussetzungen:: X11 für quest3d und vista (graph. Interface); source /software/csdsystem/csdsetup (csh, tcsh)
Aufruf:: quest {search-file} [{ins-file}]
Information:: Manuals im Terminalraum, Online-Help (interaktiver Betrieb); "Getting Started"-Manual im Terminalraum; Mosaic Manual of CSD (nur Vol.1&2, Vista)
Beispiele, Bibliothek:
Lokation:: /software/csdsystem
Version:: 5.08
Ansprechpartner:: Wolfgang Dreißig [dreissig@chemie.fu-berlin.de]
Bemerkungen:
Zusatzinformationen:

csd: Einige Hinweise zum Einstieg

Übersicht:

allgemeine Hinweise
Interaktiver alphanum. Betrieb
Hilfe-Funktion
Text-Suche
Numerische Suche
Element-Suche
Formel-Suche
Aminosäuren-Suche
Screen-Suche
Save Dateien
Print-Spezifikation
Starten der Suche
Interaktiver graphischer Betrieb
Menu-Hierarchie
Search-Menu
Quest-Menu (Such-Start graphisch)
Build-Menu (Fragment-Suche)
Edit-, Files-Menu
2d-Constrain-Menu
3d-Constrain-Menu
display-Menu
Dialbox
3d-Display-Menu
Batch-Betrieb
Beispiel
vista-Programm
gstat-Programm
pluto-Programm

Hinweise auf das Manual (im Terminalraum) sind als dreistellige Zahl i,j-k angegeben (Volume-Nr., Kapitel-Seite).

Vor Beginn muß (aus csh oder tcsh)

    source /software/csdsystem/csdsetup
    (oder source /software/csdsystem/cambridge/csdsetup)

eingegeben werden (am besten in .cshrc mit einem alias definieren). Es gibt drei verschieden Modi: 1.interaktiv alphanumerisch, 2.interaktiv graphisch, 3.batch. Für den Einstieg ist 1. am übersichtlichsten, da die Befehlszahl überschaubar ist und man sofort Ergebnisse erhält. Am mächtigsten ist 2., da hier die gefundenen Strukturen sofort angezeigt werden, jedoch ist die Eingabe über die Menus etwas gewöhnungsbedürftig. Wenn Fragmente einer großen Zahl von Strukturen verglichen werden sollen (s. Programm gstat), ist u.U. 3. angebracht.

Diese kurze Einführung erhebt keinerlei Anspruch auf Vollständigkeit!

1. Interaktiver alphanumerischer Betrieb

(1,5-14) Aufruf

      quest search-file

search-file ist der Name von Files, auf die die Ausgabe einer Suche geschrieben wird. Ein Doppel des Terminal-Outputs wird auf search-file.jnl geschrieben; je nach save-Parameter (s. unten) werden weitere Files search-file.dat, search-file.bib... geschrieben.

Nach Erscheinen des Prompts kann sofort mit der Eingabe begonnen werden. Es kann jederzeit das Kommando

     help command

eingegeben werden für eine Kurzbeschreibung des Kommandos command. help comm gibt eine Liste aller Kommandos. Achtung: Bei der Help-Ausgabe wird manchmal Text angexeigt, der nicht in das entsprechende Topic gehört! Es ist eine Suche nach Texten (2,11), numerischen Werten (2,7) und vordefinierten Screens (2,9; 3,1) möglich.

Text search Definition:

     Tn *key string

n ist eine Zahl zur Kennzeichnung der Suchbedingung. key ist einer der folgenden Begriffe (Auswahl):

     auth     Autor (vorsichtig mit den Vornamen, da 
               unterschiedliche Schreibweise!)
     name     Name eines Struktur-Fragments 
     form     Chem. Summenformel, z.B. C24H31O5
                (Reihenfolge C,H,dann alphabetisch!)
     space    Raumgruppe (P21 sucht nach P21, P21/c,
                P212121...; 'P21 ' nur nach P21!)
     refc     Referenz-Code des CSD (6 Character)

string ist der entsprechende Textstring; wenn blanks enthalten sind, durch ' ' einschließen.

Numerische Such-Eingabe:

          Tn *nkey .ao. value    oder
          Tn *nkey value1 - value2

nkey ist einer der Begriffe (Auswahl!):

     adate,mdate  Access-, Modifikations-Datum (yymmdd)
     class       Klassifizierungs-Nummer (3,2-3)
     coden       Journal-Nummer (3,3-3)
     year        Jahr(e) der Publikation 
     rfac        R-Faktor-Bereich
     sigf        mittl. Sigma C-C-Bindung (0=no Sigmas,
                    1=bis 0.005, 2=bis 0.010, 3=bis 0.03,
                    4=/uuml;ber 0.03)
     intf        Meßmethode (0=unbekannt, 1=visuell,
                 2=Densitometer, 3=Diffraktometer)
     maxa        max. Atom-Ordnungszahl in einer Struktur
     coord       Anzahl Atome (asymm. Einheit + durch
                    Symmetrien gebundene Atome!)
     denc        Dichte (g*cm**(-3))
     temp        Meßtemperatur (Grad Kelvin), falls
                    nicht Raumtemp.

.ao. ist ein arithmetischer Operator der Form .eq. (=), .ne. (ungleich), .gt. (größer als), .ge. (größer gleich), .lt., .le. In der zweiten Form wird ein Bereich angegeben. value ist ein numerischer Wert. Beispiele:

   T1 year .gt. 1990  alle nach 1990 publ. Strukturen
   T2 maxa .le. 8     nur Atome bis O dürfen enthalten sein
   T3 sigf 1 - 2      mittl. Sigma C-C besser 0.01 Ångstroem

Element-Suche: Mit dem Kommando

     Tn *elem el

kann das Vorhandensein eines bestimmten Elements el gefordert werden. Dabei kann auch nach Elementgruppen unterschieden werden: Wird für el 7a eingesetzt, so wird nach einem Halogen gesucht, bei 8x nach Fe, Ru oder Os. Tabelle der verwendeten Gruppen in 2,10-9. Es können auch Elemente kombiniert werden: + kombiniert exklusiv (d.h. wenn andere als die aufgeführten Elemente enthalten sind, wird die Struktur nicht ausgewählt), während & inklusiv kombiniert (wenn die Elemente enthalten sind, wird in jedem Fall ausgewählt). C wird immer vorausgesetzt, H nicht!

Formel-Suche: Mit den Kommandos

     Tn *sumf el .ao. value
     Tn *resf el .ao. value

(2,10-69; 2,10-51) kann auf das Vorhandensein einer bestimmten Zahl von Elementen in der Summenformel bzw. in einem Molekül gesucht werden. Syntax wie bei Numeric, el wie bei Element. Mit

     Tn *resi e1n1 e2n2 e3n3 ...

(2,10-52) wird nach der Summenformel eines Moleküls oder Ions gesucht, z.B.

     T1 *resi C10 + O1 + H6-9 + 7A1-4

schließt alle Strukturen aus, deren Summenformel nicht aus 10 Kohlenstoff-, einem Sauerstoff-, 6 bis 9 Wasserstoff- und 1 bis 4 Halogenatomen bestehen. el wie bei Element.

Suche nach Aminosäuren und Peptidsequenzen:

     Tn *pept

Hier müssen zusätzliche Records PSEQ und PDEF (optional) angegeben werden, die Aussagen über die Aminosäuren und ihre Verbindung machen sowie darüber, ob es sich um eine zyklische Struktur handelt (siehe 2,10-25). Beispiel:

     T1 *pept
     pdef ABC=ILE LEU
     pseq A %-ALA-ABC,ARG*-

ALA ist entweder Terminal (%) oder mit einer weiteren Aminosäure über eine Peptidbindung verbunden (-); die nächste Aminosäure ist entweder ILE oder LEU (s. pdef), die nächste ist ein Arginin-Derivat (*), über eine nicht-peptidische Bindung (,) an ILE oder LEU gebunden.

Screen-Suche: In der Datenbank ist jede Struktur mit 1600 Informations-Bits versehen; jedes Bit entspricht einer bestimmten Eigenschaft. Bestimmte Eigenschaften sind in 682 verschiedenen 'screens' zusammengefaßt, nach denen eine Suche besonders effektiv erfolgen kann. Die screens 1-31 definieren das Vorhandensein bestimmter Elemente, z.B. werden mit screen 17 nur Strukturen ausgewählt, die ein Halogen (F,Cl,Br,I,At) enthalten. screen 90 wählt nur Strukturen mit einem R-Wert kleiner 0.05 aus, screen 50 alle Strukturen, die nicht bei Raumtemperatur gemessen wurden. Tabelle der Screens in 3,1 oder help screen, ferner 1,2-23; 1,5-7; 2,9-4. Form:

     scre n1 n2 n3 ...   setzt screen-Nr. n1, n2, n3
     *btes n1,n2,n3,...       n1 oder n2 oder n3 
     nosc                      setzt alle screens zurück

- vor nn: wählt aus, wenn nn nicht erfüllt ist. Es können im alphanumerischen Mode auch Suchfragmente definiert werden, doch ist die Eingabe aufwendig und fehleranfällig (1,6-4). Hier sollte unbedingt interaktiv graphisch gearbeitet werden.

Bevor der eigentliche Suchprozeß gestartet wird, kann durch

     save file

die Ausgabe weiterer Daten auf Files für jeden gefundenen Eintrag angefordert werden. file kann sein

      fdat   Ausgabe aller Strukturinformation für die
             Verwendung in den Programmen gstat und 
              pluto auf File search-file.dat
      fbib   Bibliographische Information 
      fcon   Connectivity-File
      aser   erstellt aus den gefundenen Strukturen ein
              neues File im CSD-Datenbank-Format
      model  erstellt ein File im CIF-Format, das von 
              anderen Programmen verarbeitet werden kann.

Durch den Befehl

     print n string1  string2 ...

kann die Ausgabe auf dem Terminal (und auf dem .jnl-File) gesteuert werden. n Zahl zwischen 1 und 10; 10 ist die Standard-Einstellung und meist ausreichend. Mit string1, string2 können zusätzliche Informationen angefordert werden (2,10-31).

Durchführung der Suche: Mit dem Befehl

      quest Tn1 .lo1. Tn2 .lo1. Tn3 ...

kann eine Suche gestartet werden. Dabei sind die Tn die Suchkriterien (Text- oder numerische Bedingungen), .lo. sind die logischen Operatoren .AND., .OR. oder .NOT. (1,9-7). Während der Suche wird bei jedem Treffer gefragt, ob die Information in das File search-file übernommen werden soll (keep) oder nicht (reject). Mit options können weitere Ausgaben (Koordinaten etc.) angefordert werden. Nach Ende einer erfolgreichen Suche sollte das Programm verlassen werden. Wird die entsprechende Frage verneint, so werden die Ergebnisse der Suche gelöscht, da nicht zwei Suchvorgänge auf einem search-file stehen sollen!

Beispiel für eine Sitzung siehe hier.

2. Interaktiver graphischer Betrieb:

Voraussetzung ist eine X11-Oberfläche und die GL-Library (Indigo-Monitor). Aufruf durch

     quest search-file
       term i
       scre 153
       menu

Es wird ein neues Fenster erzeugt. Positionieren, anklicken: Es erscheint das CCDC-Logo. Nochmal anklicken: Es erscheint das Build-Menu, in dem man arbeiten oder aus dem man in andere Menus gelangen kann.

Menu-Hierarchie: Es muß unterschieden werden zwischen den Menus zur Vorbereitung einer Suchanfrage und den Display-Menus zur Anzeige gefundener Strukturen.

Bei der Vorbereitung einer Anfrage sind auf der höchsten Ebene die Menus Build, Edit, Files und Search vorhanden. In den einzelnen Hauptmenus können Untermenus aufgerufen werden. Obwohl Edit- und Files-Menu in der obersten Menu-Hierarchie stehen, können sie logisch eher als Untermenus von Build aufgefaßt werden. Aus jedem Menu kann die Help-Funktion für einzelne Menupunkte aufgerufen werden.

Während des Suchvorgangs wird bei jedem Treffer die Strukturinformation auf einem Display-Menu angezeigt.

Das Search-Menu (2,10) enthält im wesentlichen die unter 1. beschriebenen Funktionen mit den Submenus Text, Numeric und Screens sowie Aufrufen von Elements-, Formulae- und Peptide-Definitionen. Es können auch Save- und Print-Optionen gesetzt werden. Zusätzlich existiert die Möglichkeit einer Postscript-Ausgabe der Strukturinformation (Text, Strukturformel und 3d-Struktur). Über Info können die gesetzten Screens und Parameter angesehen werden. Im Quest-Submenu (2,8) können die Suchbedingungen logisch verknüpft und der Suchprozeß gestartet werden: Start-Search.

In den anderen Menus können Suchfragmente erzeugt und bearbeitet werden.

Das Build-Menu (2,1-3) gestattet die Erzeugung und Veränderung von Suchfragmenten. Hierzu können einzelne Atome angewählt und durch verschieden chemische Bindungen verknüpft werden, es stehen aber auch eine große Zahl von fertigen Gruppen (Groups-Submenu, 3,8) sowie Beispielstrukturen (Templates-Submenu, 3,9) für eine schnelle Generierung von Suchfragmenten zur Verfügung. Atome und Bindungen können hinzugefügt und entfernt werden; Fragmente werden zusammengefügt über die Funktionen Spiro (ein Atom, 2,1-63) oder Fuse (zwei Atome, 2,1-35). Es können Ringe und Ketten aus der angewählten Atomsorte und Bindungscharakteristik hergestellt werden. Wenn das Suchfragment fertiggestellt ist, muß es durch Define-Structure bestätigt werden. Zur Verknüpfung mit anderen Suchkriterien und zum Start der Suche wird wiederum das Quest-Submenu aufgerufen.

Mit dem Edit-Menu kann ein Suchfragment detaillierter bearbeitet werden: Neben Hinzufügen und Entfernen sind Symmetrieoperationen, Shifts, Rotationen und Skalierungen möglich, nicht nur für Atoms und Bonds, sondern auch für Teile der Struktur oder die gesamte Struktur. Einzelheiten in 2,5.

Das Files-Menu dient nur zum Abspeichern und Laden fertiger Fragmente (2,6).

Im Submenu 2d Constrain des Build-Menus können fertige Suchfragmente mit bestimmten Eigenschaften (Atomladungen, Bindungstyp u.a.) belegt werden (2,2). Ferner können Bedingungen für einen "Similarity-Search" (1,6-39) gesetzt werden, mit dem nach verwandten Strukturen (z.B. ortho- meta-, para-Form einer Verbindung) gesucht werden kann. Die Fertigstellung eines Similarity-Searchs muß durch Simil bestätigt werden.

Bisher wurden ausschließlich chemische Summen- oder Strukturformeln als Suchvorlagen diskutiert. Das Submenu 3d Constrain des Menus Build erlaubt zusätzlich die Einführung von Suchkriterien, die auf der 3d-Struktur beruhen. Dabei können nicht nur Bindungslängen und -winkel herangezogen werden, sondern auch Ebenen durch Atome, Vektoren, intra- und intermolekulare Wasserstoffbrücken und Ring-"Puckering"-Parameter. Bei der Suche werden die Daten gesammelt und anschließend mit statistischen Methoden ausgewertet. Für die Anwendung ist die Kenntnis von 1,7 und 2,3 notwendig, ferner die Funktionsweise des Programms gstat.

Display-Menus: (2,4) Das Programm verfügt über eine hervorragende Darstellung der Ergebnisse beim Suchvorgang. Während auf dem Textwindow die lauf. Nr. der durchsuchten Strukturen sowie eine Kurzinformation bei Treffern (wie bei 1.) erscheint, werden im graph. Fenster die getroffenen Strukturen mit einer kurzen Textinformation, der Strukturformel und der 3d-Struktur angezeigt (2d/3d-Display). Die 3d-Struktur kann durch eine Dialbox (rechts unten im Bild) bewegt werden (2,4-19): Rotation (re oben anklicken; Default), Translation (re unten), Skalierung (li unten), Inkrement einstellen (li oben). Das Inkrement wird außerdem in der Mitte (Uhr) angezeigt. z-Rotation und Skalierung durch Anklicken von + bzw. -, x-,y-Rotation und -Translation durch Anklicken der Pfeile. Klicken der rechten Maustaste bewirkt kontinuierliche Bewegung (nicht im Manual!). Es ist empfehlenswert, das Inkrement für die Rotation auf 0.5-1.0 Grad zu stellen und mit der re Taste zu arbeiten!

Die Atomlabel können an- und ausgeschaltet werden (2,4-27). Wie bei 1. kann der Benutzer entscheiden, ob er die gefundene Struktur als Suchergebnis akzeptiert oder verwirft. Zusätzlich existiert die Funktion Use-As-Query, mit der ein Suchergebnis zur Eingabe für einen nächsten Suchvorgang gemacht werden kann (Achtung: Ein altes Suchfragment wird überschrieben, der laufende Suchvorgang wird abgebrochen und das Ergebnis nicht gespeichert!). Über More bzw. Coords kann zusätzliche Information auf das Journal-File geschrieben werden. Durch Diag, Nodiag kann der Suchvorgang ohne zusätzliche interaktive Eingabe mit/ohne graph. Anzeige bis zum Ende durchgeführt werden; alle Treffer werden auf das .jnl-File geschrieben.

Weitere Textinformationen über die Struktur erhält man durch Anwählen des 1d-Displays (in den Manuals nicht aufgeführt!).

Das 2d-Display bietet keine zusätzlichen Möglichkeiten außer einer größeren Darstellung der Strukturformel.

Im 3d-Display kann das Strukturmodell wie im 2d/3d-Display bewegt werden; zusätzlich können die Elementarzelle dargestellt (Cell, 2,4-38), symmetrie-verwandte Moleküle erzeugt (Pack, 2,4-40) und in verschiedenen Farben angezeigt (Symm-Op, Residue, 2,4-7) werden. Wurde nach einem Fragment gesucht, kann das Fragment hervorgehoben werden (Highlight, 2,4-6); allerdings wird bei mehrmals vorkommendem Fragment nur eines angezeigt. Anzeige der Wasserstoffe (Hydr) sowie Darstellung der Atomlabel (All, NonH, None) kann an- und abgeschaltet werden. Über Dist, Angl und Tors ist die sofortige Ausgabe von Strukturdaten möglich (2,4-29). Ein wirklich mächtiges Spielzeug!

3. Batch-Betrieb

Ablauf eines Suchvorgangs ohne Interaktion kann durch

      quest search-file ins-file &

ausgelöst werden. search-file wie oben; ins-file ist ein File, in das sämtliche Suchinstruktionen sowie der Start der Suche editiert sein müssen. Diese Arbeitsweise empfiehlt sich für sehr aufwendige Suchvorgänge oder mehrmaliges Suchen nach ähnlichen Fragmenten; im allgemeinen ist bei den Indigo-Workstations ein Durchgang durch die Datebasis in ca. 3min abgeschlossen, so daß es sich gut interaktiv arbeiten läßt.

Beispiel für ein Batch-File:

     screen 153             (Atomkoordinaten vorhanden)
     screen 90              (R-Wert besser 5 Prozent)
     t1 *auth dreissig      (Autorenname Dreissig)
     t2 *year .lt.1990      (vor 1990)
     t3 *element 5a         (mindestens 1 Element 5. Gruppe)
     save fdat              (.dat File für gstat)
     prin 10 spac zval nres rfac  (print extra information)
     quest t1 .and. t2 .and. t3   (start search)

Hilfsprogramme

Das Programm gstat gestattet die Definition von Fragmenten und die statistische und numerische Auswertung von 3d-Komponenten (Abstände, Winkel, Vektoren, Ebenen) dieser Fragmente. Aufruf durch

     gstat search-file

Voraussetzung für die Anwendung ist die Durchführung des Suchvorganges (Programm quest) mit gesetztem Parameter save fdat, damit ein search-file.dat-File der getroffenen Strukturen erzeugt wird. Es ist außerdem sinnvoll, das Programm (außer für unverbindliche Tests) nicht interaktiv, sondern mit einem Eingabefile search-file.geo ablaufen zu lassen. In diesem File müssen die Fragmente sowie die abgeleiteten Grösen, die vergleichend analysiert werden sollen, definiert sein. Dies können Bindungslängen, Bindungswinkel, Torsionswinkel, aber auch Abstände von Atomen zu Least-Squares-Ebenen, intermolekulare Abstände, intra- und intermolekulare Wasserstoffbrückengeometrien u.a. sein. Informationen finden sich in 1,14-3 und 4,1, aber auch 1,7 ist wichtig.

Es besteht jedoch auch die Möglichkeit, über das Submenu 3d-Constaints des Build-Menus Fragment- und Geometrie-Definitionen vorzunehmen. In diesem Fall wird gstat implizit aufgerufen und die Ergebnisse in das .jnl-File geschrieben. Es können sogar nach Ende des Laufs zusätzliche Histogramme und Plots angefordert werden. Außerdem werden die Definitionen auch in das .jnl-File geschrieben und können für einen späteren gstat-Lauf leicht modifiziert werden.

Das Programm vista ersetzt weitgehend das Programm gstat. Ebenso wie gstat erlaubt es die Ausgabe von Statistiken, außerdem jedoch auch eine (allerdings begrenzte) nachträgliche Inspektion der Hits. Aufruf:

     vista [-large] {search-file}

{search-file} ist der Name, der beim vorangegangenen quest-Lauf verwendet wurde. -large muß bei großer Zahl von Hits angegeben werden (am besten immer angegeben!). Es müssen die Files .fgn, .tab, .fgd vorliegen. Wird beim vorangehenden quest-Lauf im 3d-Constrain-Submenu ein 'Parameter' gesetzt, so werden diese Files automatisch erzeugt. Das Programm fragt nach dem Terminal-Typ (hier X für X-Windows). Es ist die Ausgabe von Histogrammen (Anzahl Hits gegen den Parameterwert) und Scattergrammen (zwei Parameter gegeneinander) vorgesehen. Die Diagramme können mit einem Text versehen und in Ihrem Aufbau verändert werden. Eine Ausgabe als Postscript-File ist möglich. Achtung: Der Background des Plots muß vor der Ausgabe mit 'Reverse' auf Weiß gestellt werden, sonst wird das Bild auf dem Drucker wie auf dem Bildschirm mit weißer Schrift auf schwarzem Untergrund (Toner !!!) ausgegeben.

Es existiert (noch) kein Manual für das Programm vista; einige Angaben finden sich im 'Getting Started'-Manual.

Mit dem Plotgrogram pluto können Strukturen als Draht-, Kugel und Stab- oder Kalottenmodell dargestellt werden (4,10). Da das Programm keine Farbmöglichkeiten besitzt und mögliche Rotationen in Winkelgraden angegeben werden müssen, erscheint sein Einsatzmöglichkeit begrenzt. Allerdings gestattet es in Zusammenhang mit dem Output Coord-Befehl von gstat die Superposition von Fragmenten verschiedener Strukturen (4,12-31; 4,9-60).

Aufruf des Programms durch

     pluto search-file

Es muß wiederum das Programm quest mit gesetztem Parameter save fdat gelaufen sein.

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Wolfgang Dreissig [dreissig@chemie.fu-berlin.de] 27. Juli 1993 (Revision 28. November 1995)