chemx

• Sofort zu: Hinweise zu Chem-X

Programmname:

chemx Chem-X

Kurzbeschreibung:

Molecular Modelling, Kraftfeld, Quantenchemie (MOPAC)

Version:

Voraussetzungen:

GL, Lizenz

source ~chemx/chemx.csh (csh, tcsh)

. /software/chemx/chemx.sh (sh, ksh)

Aufruf:

chemx

Information:

Manual, Online, Zusammenstellung der Chem-X Menüs

Beispiele, Bibliothek:

/software/chemx/demos

Demo, Tutorial:

Help WorkedExamples ...

Lokation:

/software/chemx bzw. ~chemx

Ansprechpartner:

Thomas Richter [richter]

Bemerkungen:

MOPAC 6.00 ist integriert.

Leistungsfähiges Programm mit einigen "Macken" und Instabilitäten

Zusatzinformationen:

Chem-X: Einige Hinweise zum Einstieg

Start (aus csh bzw. tcsh, an einer Workstation-Konsole!):

  source ~chemx/chemx.csh
  chemx &

Beendigung des Programms:

System ExitChem-X

Selbstablaufende Demos:

Help WorkedExamples

- DisplayStyles | ManipulatingStruc's | GeometryCalc's | CrystalPacking | Maps | Surfaces

Unterstützte Molekülkoordinaten-Formate

(ReadStructure):

CSSR (.cssr), PDB (.pdb), Smiles, DBS Database, Cambridge CSD, MACCS (.mol, MDL-Format, wie ChemBase)

(WriteData):

CSSR (.cssr), PDB (.pdb), MACCS (.mol), Chemlab-I (.chm), Tribble (.con)

Einlesen von Molekülkoordinaten (aus aktuellem Arbeitsverzeichnis):

(z.B.) Action ReadStructure (Dateiformat wählen) ReplaceStructure

Schreiben von Molekülkoordinaten:

Main WriteData (Dateiformat wählen) WriteCartesian

Wahl der Display-Modi:

(a) Main Display PictureStyle

- Highlighting | Shading | DepthCueing | NoLighting

(b) Action Display

- Stick | Ball-and-Stick | CPK-Solid

interaktives Bewegen des Moleküls (in allen Display-Modi möglich):

mittlere Maustaste gedrückt: rotieren um xy (mit Shift-Taste um z)

rechte Maustaste gedrückt: verschieben in xy-Richtung

oder: Maus mit gedrückter linker Maustaste auf Schiebern (unten) bewegen

interaktive Konstruktion bzw. Modifikation von Molekülen:

Main Modify/Build

(Konstruktion im 2D-Teil)

Kraftfeld-Rechnungen:

Action OptimiseGeometry OptimiseMMEnergy

(alternativ: van-der-Waals-Optimierung)

MOPAC-Rechnungen:

(im Batch-Betrieb, Meldung per E-Mail von cron)

Main QuantumMechanics Mopac

(alternativ Ampac)

OptimisationOptions EnableOptimisation

MOPAC-Dateien:

.qin calculation control file (input)

.qlp listing file

.arc_mopac archive (summary) file

.qmr ChemQM results file containing MOPAC charges

.cssr CSSR file containing MOPAC charges

Messen:

(a) Action ListSegmentInformation (für einzelne Strukturelemente)

(b) Main Geometry ListGeometry (liefert Tabelle)

(+) Anzeige und Änderung der Chiralität möglich

Konformationsanalysen

Beispiel-Daten (in ~chemx/demos):

atropin.cssr, pilocarp.cssr

Bildschirm-Hardcopy:

Hilfsprogramm "snapshot" liefert eine RGB-Datei. Konvertierung nach TIFF mittels "imgcopy" oder "sgi2tiff"; letztere können mittels "xv" weiter umgewandelt werden (u.a. GIF, PS)

• Zusammenstellung der Chem-X Menüs