Software-Pakete auf dem CHEMnet-Cluster

geordnet nach Sachgebieten.

Hinweis: Software mit "GL" (Graphic Library) oder Display Postscript läuft nur an den Workstation-Konsolen (nicht via X Terminal)

Inhalt

CHEM) (sonstige) Chemieprogramme

babel
Molecular Modeling Dateiformat-Interkonversion
Aufruf: (z.B., interaktiv) babel -m
Info: babel-Kurzanleitung
Anm.: Ein anderes Werkzeug mit ähnlicher Funktion ist das Programm koord.

isis_base ISIS/Base-1.2
Chemisches Datenbankprogramm, Verwaltung chemischer Strukturen und Reaktionen
Vor.: X11
Aufruf: isis_base
Info: ISIS/Base-Kurzanleitung, Online-Hilfe
Lokation: /software/mdl/isis12/base/

isis_draw ISIS/Draw-1.1 mdldraw
Zeichenprogramm für chemische Strukturformeln, 2D-Struktureditor (beachtet Konnektivitäten)
Vor.: X11. Konfiguration (Pfade für isisdraw.hlp, templates) nach Anklicken von "Help" (isisdraw.cfg)
Aufruf: isis_draw
(oder:) mdldraw
Info: ISIS/draw-Kurzanleitung, online
Lokation: /software/isis/isis11

molscript
Postscriptausgabe von Proteinkoordinaten
Info: Anleitung (in HTML)
Lokation: /usr/local/bin/molscript

rasmol
Visualisierung von Molekülen, GIF, PPM, PostScript-Ausgabe
Vor.: X11 (8 Bit oder 24 Bit Farbdisplay)
Info: (engl.) Hypertext-Anleitung, man rasmol
Lokation: /usr/local/bin/rasmol

schakal
Darstellung von Molekülen
Vor.: GL (IRIS-Konsole) oder X11 mit GKS
Lokation: /usr/local/bin/schakal
Info: schakal-Kurzinfo

DB) Datenbanken

Cambridge Structural Database
Datenbank mit 3d-Strukturen von ca. 220.000 organischen, metallorganischen und biochemischen Verbindungen.
Voraussetzungen: source /software/csdsystem/csdsetup.
X11 und GL für quest3d (graph. Interface), vista.
Aufruf: quest {search-file}
Information: CSD-Kurzanleitung.
Online-Manuals.
Manuals im Terminalraum, Online-Help (interaktiver Betrieb)
Neues Suchprogramm conquest:
Aufruf: conquest
(ACHTUNG: Nur auf pauling.chemie.fu-berlin.de lauffähig!)
Information: Online-Manuals
Zusatzinformationen: Programme vista (statistische Auswertung), pluto (Plotprogramm) und mercury (Visualisierungsprogramm für conquest)
Lokation: /software/csdsystem
Ansprechpartner: Wolfgang Dreißig [dreissig@chemie.fu-berlin.de]

EBI (European Bioinformatics Institut) Sequence Database
Lokation: /software/ebi
Inhalt der Datenbank ist:
* EMBL Nucleotide Sequence Database (data-files)
* Swiss-Prot Protein Sequence Database
* Indices for access to the EMBL Nucleotide and Swiss-Prot Sequence database, Prosite, Enzyme and EPD, as used by EMBL-Search
* EMBL Nucleotide Sequence Database (ascii index files)
* EMBL and Swiss-Prot sequence database in NBRF (FastA) format.
* Collection of related molecular biology databases
Ansprechpartner: Ruediger Polster [polster]

pdb Brookhaven Databank
Lokation: /software/pdb bzw. ~pdb
Ansprechpartner: Vera Heinau [heinau]

grok
Graphisches Datenbank Interface
Vor.: X11
Aufruf: grok [-h] [-d] [-v] [-t] [-T] [-f] [form query]]
Info: man grok, Online-Hilfe, DB-Builder Manual (Postscript)
Lokation: /usr/local/bin/grok, Datenbanken in /usr/local/lib/grokdir, ~/.grokdir, Beispiele in /usr/local/lib/grokdir/examples
Ansprechpartner: Heiko Schlichting [heiko]

search
Suche in Dokumenten/Text-Datenbanken mittels "agrep"
Vor.: keine
Aufruf: search {Datenbank} [agrep-Optionen] <Anfrage>
Info: search-Kurzanleitung
Lokation: /usr/local/bin/search, Datenbanken in /usr/local/lib/doc und in anderen Verzeichnissen
Ansprechpartner: Burkhard Kirste [kirste]

EDIT) Editoren für (ASCII- oder HTML-)Texte

asWedit
HTML-Editor
Vor.: X11
Aufruf: asWedit [options] [filename] &
Info: Online-Hilfe
Lokation: /usr/local/bin/asWedit

axe faxe
Editor
Vor.: X11
Aufruf: axe [ filename ... ]
Info: man axe
Lokation: ?

edt
VMS-ähnlicher Editor
Aufruf: edt name
Info: man edt
Lokation: /usr/local/bin/edt

emacs
Editor (Lucid GNU Emacs 19.4)
Vor.: X11 (!)
Aufruf: emacs [file] &
Info: GNU "info", man emacs
Lokation: /usr/local/bin/emacs

jot
Editor
Vor.: GL
Aufruf: jot [files...]
Info: man jot
Lokation: /usr/sbin/jot

NEdit
mausgesteuerter Text-Editor für X Windows
Vor.: X11
Aufruf: nedit [Optionen] [ dateiname ...]
Info: Reference Manual (englisch), online
Lokation: /usr/local/bin/nedit

pico
einfacher, leicht zu bedienender Editor
Aufruf: pico [Dateiname]
Info: man 1 pico, online, pico-Kurzinfo
Lokation: /usr/local/bin/pico

point
mausgesteuerter Text-Editor für X Window
Vor.: X11
Aufruf: point [-nobrowser] [-nb] [ dateiname ...] &
Info: man point, Point Reference Manual (englisch), online

vi vedit
("Standard"-Unix-) Editor
Aufruf: vi [files...]
vedit [files...]
Info: vi-Kurzanleitung, vi-help.doc, vi-reference.doc, Lernprogramm: vilearn
Lokation: /usr/bin/vi

vim
Editor (verbesserter vi)
Aufruf: vim [options] [file ..]
Info: man vim, vim-Kurzinfo, vim-help.doc, vim-reference.doc (lang), Lernprogramm zu vi: vilearn
Lokation: /usr/local/bin/vim

xedit
primitiver Editor
Vor.: X11
Aufruf: xedit [ filename ]
Info: man xedit
Lokation: /usr/bin/X11/xedit

xhtml ashe
spezieller Editor für HTML (Hypertext)
Vor.: X11
Aufruf: xhtml [ filename ] &
Info: xhtml (ASHE) help
Lokation: /usr/local/bin/xhtml

zip
leistungsfähiger Editor
Vor.: GL
Info: Zip-Anleitung, Quick-Reference, ausführliche Onlinehilfe und Onlinetutorial.

GAMES) Spiele

arena
Roboterspiel
Multiuserspiel, wenn mit '-n' gestartet.
Vor.: GL
Info: man arena

bz
Panzerspiel
Multiuserspiel, wenn nicht mit '-solo' gestartet
Vor.: GL
Info: man bz

dogfight
Multiuser-Flugsimulator
Vor.: GL
Aufruf: /software/demos/bin/dog, /software/demos/bin/dog_8bit
Info: man dog

flight
Flugsimulator
Vor.: GL
Aufruf: /software/demos/bin/flight, /software/demos/bin/flight_8bit
Info: man flight

klondike
Kartenspiel
Vor.: GL
Info: klondike-rules

ocean
Animiert den Konsolenhintergrund
Vor.: GL, IRIS-Konsole
Anm.: Zahlreiche Parameter beim Aufruf oder im ~/.oceanrc möglich
Aufruf: (z.B.) 'ocean -f' für Fische
Info: man ocean

seaheaven
Kartenspiel
Vor.: X11
Aufruf: /software/demos/bin/seahaven

xbattle
Multiuser Strategiespiel
Vor.: X11
Info: man xbattle

xboard gnuchess
X11 Schach
Vor.: X11
Aufruf: xboard
Info: man xboard

xmj
Mahjong Spiel
Vor.: X11
Aufruf: /software/demos/bin/xmj
Info: man xmj

xpilot
Multiuser Weltraumspiel
Vor.: X11
Info: man xpilots (Server), man xpilot (Clients)

xspringies
Massen- und Federsimulationsprogramm
Vor.: X11
Anm.: Beispielfiles in /usr/local/lib/xspringies
Info: man xspringies

GRAPH) Graphik, Zeichenprogramme

bit
Bildbearbeitung (Bitmap Image Touchup)
Vor.: GL
Aufruf: bit [options] [files]
Info: man bit

clrpaint
interaktives Malprogramm
Vor.: GL
Info: PostScript-Dokument clrpaint.doc.ps
Lokation: /usr/local/bin/clrpaint

gle
Wissenschaftliches Graphikprogramm (mit Kommandosprache)
Vor.: zum Display X11
Aufruf: gle filename.gle -ddevice
z.B.: gle test -dx (Xwindows)
Info: gle-Kurzinfo, Text-Dokument gle.txt, PostScript-Dokument gle.ps, zu den Begleitprogrammen das PostScript-Dokument util.ps.
Beispiele: in /usr/local/lib/gle/demo/
Lokation: /usr/local/lib/gle/
Ansprechpartner: Burkhard Kirste [kirste]

gnuplot
kommandogesteuertes interaktives Funktions-Plottprogramm
Vor.: X11
Aufruf: gnuplot [ X11 options ] [file ...]
Info: man gnuplot, Quick Reference (Hypertext), engl. Anleitung gnuplot.dvi, Kurzanleitung
Beispiele: in /usr/local/lib/gnuplot
Demo: cd /usr/local/lib/gnuplot ; gnuplot all.dem

imgworks
Bildbearbeitung (Colorierung, Farbverfremdung)
Vor.: GL
Aufruf: imgworks [ imgfile ]
Info: man imgworks

imp
interaktives Malprogramm
Vor.: GL
Lokation: /usr/local/bin/imp

rayshade raypaint rayview get4d
Raytracingprogramm
Vor.: GL für raypaint, rayview und get4d
Info: rayshade quickref.txt
kein Online-Manual, liegt in PostScript vor
LaTeX-Dokumente in /usr/local/notes/doc/rayshade/
Lokation: /usr/local/bin/

xmgr ACE/gr - graphics for exploratory data analysis
wissenschaftliches Graphikprogramm, Plotten von Daten und Funktionen
Vor.: X11
Aufruf: xmgr [...]
Info: ACE/gr (xmgr) (englische Hilfetexte, Hypertext)
(veraltet:) man xmgr, PostScript-Anleitung xmgr.ps
Beispiele: in /usr/local/lib/xmgr/examples/
Demo: /usr/local/lib/xmgr/examples/dotest

xpaint
interaktives Malprogramm
Vor.: X11
Aufruf: xpaint [ -size WIDTHxHEIGHT ] [ -12 ] [ -24 ] [ filenames...]
Info: man xpaint, Online-Hilfe
Anm.: bestes pixelorientiertes Zeichenprogramm für X-Window

MATH) Mathematik

gnuplot
siehe unter "GRAPH"

math mathematica Mathematica-2.2.1
Mathematik-Programm (numerisch, symbolisch, Graphik)
Vor.: für Graphik-Ausgabe X11, Animation nur direkt an der Console
Aufruf: math (X11-Frontend: mathematica)
Info: in /software/math/Documents/, Buch von S. Wolfram
math-Kurzanleitung
Hypertext-Hilfe: mathbook
Bibliothek: in /software/math/Packages/

octave
interaktives Mathematik-Programm (numerisch)
Vor.: für Graphik-Ausgabe (mittels gnuplot) X11
Aufruf: octave
Info: octave.info,
octave (aus octave.texi)
Lokation: peleus:/software/octave

xspread sc
Tabellenkalkulation (Spreadsheet)
Vor.: für xspread: X11
Aufruf: xspread [mysheet.sc] &
sc [mysheet.sc]
Info:
sc/xspread-Kurzanleitung, Xspread Reference Manual, man sc, man xspread, Online-Hilfe.
Tutorial: /usr/local/lib/sc/tutorial.sc

MD) Moleküldynamik

amber
siehe unter Molecular Modelling

charmm charmm21 charmm22 Karplus-Charmm
Moleküldynamik
Vor.: Benutzungsbeschränkung für Karplus-Charmm
Info: charmm-Kurzinfo
Lokation: /software/charmm bzw. ~charmm
Ansprechpartner: Heiko Schlichting [heiko]

xplor X-PLOR
Moleküldynamik, Konformationsraum von Makromolekülen
Info: xplor-Kurzinfo
/software/xplor/tutorial/*
Lokation: /software/xplor/*, /usr/local/bin/xplor
Ansprechpartner: K. Theis, AG Saenger [theis]

MMOD) Molecular Modelling

amber
Molecular Modelling (ohne Visualisierung), Kraftfeld, Moleküldynamik
Aufruf: Die Programme stehen im Verzeichnis /software/amber/exe
Info: amber-Kurzinfo
Lokation:/software/amber

chemx Chem-X
Molecular Modelling, Kraftfeld, Quantenchemie (MOPAC)
Vor.: GL
source ~chemx/chemx.csh (csh, tcsh)
bzw. . /software/chemx/chemx.sh (sh, ksh)
Aufruf: chemx
Info: Manual, Online
chemx-Kurzanleitung
Demo: Help WorkedExamples ...
Lokation: /software/chemx bzw. ~chemx

midas MidasPlus
Molecular Modelling (Makromoleküle: Proteine, Nucleinsäuren)
Vor.: GL
Aufruf: midas
Info: Online (help)
midas-Kurzinfo
Lokation: /software/midas

molcad MolCAD m2
Molecular Modelling
Vor.: GL
source /software/molcad/.m2ins
Aufruf: molcad
Info: molcad-Kurzinfo
Anm.: offenbar Testversion
Lokation: /software/molcad bzw. ~molcad
Ansprechpartner: Peer Koch [koch]

quanta quanta-3.2 quanta-3.3
Molecular Modelling
Vor.: GL, Lizenz
source /software/quanta-3.2/.setquanta
bzw. source /software/quanta-3.3/setquanta
Aufruf: quanta
Info: quanta-Kurzinfo
Lokation: /software/quanta-3.2 bzw. ~qinstall
bzw. /software/quanta-3.3 bzw. ~msi
Anm.: Quanta 3.3 incl. MSI-charmm 22
Ansprechpartner: Heiko Schlichting [heiko]

spartan
siehe unter "QM"

whatif
Molecular Modelling
Vor.: ?
Aufruf: /software/whatif/whatif ?
Info: whatif-Kurzinfo
Lokation: /software/whatif bzw. ~whatif
Ansprechpartner: Daniel Hoffmann [hoffmann]

MOLBIOL) Molecularbiologische Software

blast
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) Program Package
with five tasks:
blastp (compares an amino acid query seq. against a protein seq. database)
blastn (compares a nucleotide query seq. against a nucleotide seq. datab.)
blastx (compares the six-frame conceptual translation products of a
nucleotide query seq. [both strands] against a protein seq. datab.)
tblastn (compares a protein query seq. against a nucleotide seq. database
dynamically translated in all six reading frames [both starnds].)
tblastx (compares the six-frame translation of a nucleotide query seq.
against the six-frame translation of a nucleotide seq. database.)
Aufruf: /software/blast/bin/TASK
Info: man blast, blast.1.ps

ae2
AE2 (Multiple alignment editor)
Lokation: /usr/local/bin/ae2
Anm.:Users should edit the .cshrc file to define the symbol AELIB,
and to make an alias for the man pages.
setenv AELIB /usr/local/lib/ae2
alias ae2man "man -M $AELIB/man"

NET) Netzwerk-Software

archie
stellt Anfragen an FTP-Index-Server (vgl. xarchie)
Info: man archie
Lokation: /usr/local/bin/archie

elm
Mail User Agent: Lesen und Schreiben von elektronischer Post
Aufruf: elm
Info: man elm, elm-Kurzinfo
Lokation: /usr/local/bin/elm
Ansprechpartner: Heiko Schlichting [heiko]

ftp
Filetransfer übers Netz
Aufruf: ftp [host]
Info: man ftp
Lokation: /usr/bsd/ftp

gopher
Abfragen von Gopher-Informationssystemen (vgl. xgopher, Mosaic)
Aufruf: gopher [server]
(default: Gopher-Server der FU Berlin)
Info: man gopher
Lokation: /usr/local/bin/gopher

irc
Weltweite interaktive Kommunikation (Internet Relay Chat)
Info: man irc
Lokation: /usr/local/bin/irc
Betreuer: Kai Seidler [oswald@cs.tu-berlin.de]
Daemon: /software/irc/etc/ircd

lynx
Abfragen von verschiedenen Informationssystemen weltweit (u.a. WWW)
Anm.: Unter X Window ist Mosaic wesentlich komfortabler.

Mosaic
Abfragen von verschiedenen Informationssystemen weltweit (u.a. WWW, gopher, WAIS, X.500 usw.)
Vor.: X11 (Sound und Multimedia nur an der Console möglich)
Lokation: /usr/local/bin/Mosaic
Anm.: früherer Name "xmosaic". Für Textterminals steht alternativ oder lynx zur Verfügung.

ncftp
Filetransfer übers Netz (verbessertes anonymous FTP)
Aufruf: ncftp [host]
Info: man ncftp
Lokation: /usr/local/bin/ncftp

nn
Usenet-News-Leseprogramm
Aufruf: nn [options]
Info: man nn
Lokation: /usr/local/bin/nn

pine
Mail User Agent: Lesen und Schreiben von elektronischer Post
Aufruf: pine
Info: man pine, pine-Kurzinfo
Lokation: /usr/local/bin/pine

www
Abfragen von verschiedenen Informationssystemen weltweit (u.a. WWW)
Anm.: An Textterminals kann man lynx benutzen, unter X Window ist Mosaic wesentlich komfortabler. (Das ursprüngliche Programm "www" ist auf dem CHEMnet nicht mehr installiert.)

xarchie
stellt Anfragen an FTP-Index-Server (vgl. archie)
Vor.: X11
Aufruf: xarchie &
Info: man xarchie
Lokation: /usr/local/bin/xarchie

xgopher
Abfragen von Gopher-Informationssystemen (vgl. gopher, Mosaic)
Vor.: X11
Aufruf: xgopher [server] &
(default: Gopher-Server der FU Berlin)
Info: man xgopher
Lokation: /usr/local/bin/xgopher

xmh Mailtool (inkompatibel mit elm, pine)
Vor.: X11
Info: man xmh
Lokation: /usr/bin/X11/xmh

xnetlib
netlib client: Interaktives Durchsuchen der netlib mit Download Möglichkeiten.
Vor.: X11
Info: man xnetlib, xnetlib-refcard.ps (online kaum lesbar!)
Lokation: /usr/local/bin/X11/xnetlib

PERI) Peripheriegeräte (Scanner, Drucker)

a2ps
wandelt ASCII Texte nach Postscript
Info: man a2ps, a2ps-Kurzinfo
Lokation: /usr/local/bin/a2ps

impressario
Visuelle Druck-Umgebung
Info: man impressario

sendfax FlexFAX
FAX (Faksimile) Software
Aufruf: sendfax ... (zum Verschicken eines FAX)
Info: man sendfax, man flexfax
Hinweis: Das FAX-Modem ist an Bragg angeschlossen, App. Nr. 5281

sgiscan

PROG) Programmiersprachen, Programmierhilfen

cc
C-Compiler (ANSI-C)
Aufruf: cc ...
Info: man cc

CC
C++ Compiler
Aufruf: CC ...
Info: man CC

cvd
CaseVision Debugger (The WorkShop Debugger)
Vor.: Lizenz
Aufruf: cvd [...]
Info: man cvd
Lokation: /usr/sbin/cvd

f77
MIPS FORTRAN 77 Compiler
Aufruf: f77 ...
Info: man f77

f90
MIPSpro FORTRAN 90 Compiler
Vor.: IRIX-6.2
Aufruf: f90 ...
Info: man f90

gcc g++
GNU-Projekt C und C++ Compiler
Aufruf: gcc ...
Aufruf: g++ ...
Info: man gcc, man g++

gdb
GNU Debugger
Aufruf: gdb [...]
Info: man gdb, Quick Reference gdb.dvi

java
Java (Byte-Code-Compiler, Interpreter)
Vor.: IRIX-6.2
Aufruf: /usr/java/bin/javac ... (Byte-Code-Compiler)
Aufruf: /usr/java/bin/java ... (Byte-Code-Interpreter)
Info: Java Kurzanleitung

pc
MIPS Pascal Compiler
Aufruf: pc
Info: man pc

Perl
Perl interpreter
Aufruf: perl [...]
Aufruf: perl4 [...]
Aufruf: perl5 [...]
Info: perl man-Pages, in html-Format

QM) Quantenmechanik, Computational Chemistry

gaussian
Ab-Initio

mseed
Berechnung von Proteinoberflächen
Vor.: keine
Aufruf: /software/qcpe/mseed/mseed
Info: mseed-Kurzinfo, /software/qcpe/mseed/MSEED.DOC
Lokation: /software/qcpe/mseed/
Ansprechpartner: Ingo Mügge [muegge]

spartan Spartan-4.1.1
Ab-Initio, Dichte-Funktional, Semiempirisch
Vor.: GL, z-Buffer, Lizenz; auch über X-Terminals lauffähig
Aufruf: /software/spartan/spartan
Info: spartan-Kurzanleitung, Manual, /software/spartan/help
Lokation: /software/spartan

SHOW) Präsentation, Multimedia

clrview
Animationsprogramm
Vor.: GL
Info: PostScript-Dokument clrview.doc.ps
Lokation: /usr/local/bin/clrview

ghostview
Anzeige von PostScript-Dokumenten
Vor.: X11
Aufruf: ghostview [datei ...]
Info: man ghostview

gman
Manualpages darstellen
Vor.: GL
Lokation: /usr/local/bin/gman

insight
Manuals darstellen
Vor.: GL
Info: insight-Kurzinfo
Lokation: /usr/sbin/insight

moviemaker movieplayer
Animationsprogramme
Vor.: GL
Info: man moviemaker, man movieplayer
Lokation: /usr/sbin/

showcase Showcase
Basic Drawing & Presentation Tool
Zeichen- und Präsentationswerkzeug (Multimedia)
Vor.: GL
Aufruf: showcase [...]
Info: man showcase, IRIS Showcase User's Guide, Online-Hilfe

xpsview
Anzeige von PostScript-Dokumenten (Adobe Version 1.2)
Vor.: GL
Aufruf: xpsview [datei ...]
Info: man xpsview

SOUND) Töne, Klänge, Geräusche

broadcast
Schickt Sound über Ethernet (siehe 'radio')
Info: man broadcast

cdman datman
CD(DAT)-Spieler
Vor.: X11 (GL?)
Info: man cdman

multitrack
Bearbeiten von Sounddateien, Schnittstudio
Vor.: GL
Info: man multitrack

radio
Abspielen von Sound über Ethernet (siehe 'broadcast')
Info: man radio

soundeditor
Bearbeiten von Sounddateien
Vor.: GL
Info: man soundeditor

sox
Umwandeln von Sounddateien
Info: man sox

SPEC) Spektroskopie

eprft hffit hffits
Simulations- und Fit-Programme für isotrope EPR-Spektren
Aufruf: eprft
Aufruf: hffit
Aufruf: hffits
Info: man eprft, man hffit, man hffits
Ansprechpartner: Burkhard Kirste [kirste]

uxnmr
Bearbeitung von NMR-Spektren (Fa. Bruker)
Vor.: X11, Lizenz (für Carotin, Campher, Pinen). Hinweis: In der Regel ist außerdem die Einrichtung eines "symbolischen Links" erforderlich (ausgenommen sind Angehörige der AG Limbach), zu beantragen bei kirste@chemie.fu-berlin.de (Burkhard Kirste).
Aufruf: source /b/prog/940501/setuxenv ; uxnmr
Lokation: /software/uxnmr (auf Carotin)
Ansprechpartner: Burkhard Kirste [kirste]

TEXT) Textverarbeitung, DTP

ileaf Interleaf-5
Textverarbeitung, DTP (Desktop Publishing)
Vor.: X11
Aufruf: ileaf
Info: ileaf-Kurzinfo
Lokation: /software/interleaf

tex latex dvips xdvi
Schriftsatzprogramm
Vor.: X11 (fuer xdvi)
Info: Hinweise zu LaTeX, man tex, man latex, man dvips, man xdvi, PostScript-Dokument dvips.ps, TeX-Kommandos, Leitfaden zur Arbeit mit LaTeX, dvips und PostScript(Leitfaden.ps.gz)
Ansprechpartner: Holger Busse [busse]
(vormals Betreuer: TeX Support Team [tex: kardinal, flaig, hippo])

VIS) Visualisierung

display (ImageMagick)
Anzeige und interaktive Manipulation von Bildern
Vor.: X11
Aufruf: display [datei ...]
Info: display Kurzinfo, man display

explorer
komplexe Visualisierungssoftware
Vor.: GL
Info: man explorer

scarecrow dynal
3D-Darstellung von Molekülen, Energien und dynamischen Prozessen
Vor.: GL, Iris mit 24 Bit oder Entry-Graphic-Indigo
Aufruf: "source /software/scarecrow/setscare" (für [t]csh-user)
dynal das Hauptprogramm (fuer 24 Bit Irise)
dynal-entry das Hauptprogramm (fuer Entry-Graphic-Irise)
vss, icon8, density, probesurf
/software/scarecrow/bin/spectrum
Info: scarecrow-Kurzinfo, in /software/scarecrow/docs/
Beispiele: in /software/scarecrow/demo/
Lokation: /software/scarecrow/
Ansprechpartner: Ingo Mügge [muegge], Heiko Schlichting [heiko]

scian SciAn
komplexe Visualisierungssoftware
Vor.: GL
Lokation: /usr/local/bin/scian

squid 3D-Darstellung von Molekülen und dynamischen Prozessen
Vor.: GL
Info: squid-Kurzinfo
Dokumente in /software/squid/documentation/
Lokation: /usr/local/bin/squid, /software/squid/

viewmol
Schwingungen u.a. eines Moleküls visualisieren
Vor.: GL
Aufruf: /software/viewmol/viewmol
Info: viewmol-Kurzinfo, man 1 viewmol (?)
Beispiele: /software/viewmol/{coord|grad|spectrum|control}
Lokation: /software/viewmol/
Ansprechpartner: Bernd Melchers [melchers]

xmol
Darstellen von Molekülfiles (Alchemy, PDB, Gaussian, Mopac u.a.)
Vor.: X11
Aufruf: xmol
Info: man 1 xmol,
man 5 xyz (für das Fileformat "XYZ"),
XMol User Guide (Minnesota)
Beispiele: in /usr/local/lib/xmol/examples/
Lokation: /usr/local/bin/xmol, /usr/local/lib/xmol
Quelle: ftp.msc.edu: /pub/xmol/

xv
Anzeige und interaktive Manipulation von Bildern
Vor.: X11
Aufruf: xv [datei ...]
Info: man xv

XRAY) Röntgenstrukturanalyse

shelxl-93
Röntgenstrukturanalyse-Paket
Vor.:
Aufruf interaktiv: shelxl {name} ({name} = Name der Kristallstruktur)
Aufruf Batch : shxl {name}
Info: shelxl-Kurzinfo, ausführlich Dokumentation
Lokation: /software/shelxl
Ansprechpartner: Wolfgang Dreißig [dreissig]

xtal
Röntgenstrukturanalyse-Paket für kleine und Makromoleküle
Vor.: X11, gks für Programme mit Graphik-Ausgabe
Aufruf: xtal
Info: xtal-Kurzinfo
Lokation: /software/xtal32
Ansprechpartner: Wolfgang Dreißig [dreissig]

nrc
Röntgenstrukturanalyse-Paket
Vor.: X11 (für Plot-Programme)
Aufruf: nrc
Info: nrc-Kurzinfo
Lokation: /software/nrc
Ansprechpartner: Wolfgang Dreißig [dreissig]

Cambridge Structural Database
Datenbank mit 3d-Strukturen von ca. 220.000 organischen, metallorganischen und biochemischen Verbindungen.
Voraussetzungen: source /software/csdsystem/cambridge/csdsetup.
X11 und GL für quest3d (graph. Interface).
Aufruf: quest {search-file}
Information: CSD-Kurzanleitung.
Manuals im Terminalraum, Online-Help (interaktiver Betrieb)
Neues Suchprogramm conquest:
Aufruf: conquest
(ACHTUNG: Nur auf pauling.chemie.fu-berlin.de lauffähig!)
Information: Online-Manuals
Zusatzinformationen: Programme gstat (stat. Auswertung) und pluto (Plotprogramm)
Lokation: /software/csdsystem
Ansprechpartner: Wolfgang Dreißig [dreissig@chemie.fu-berlin.de]

Disclaimer

Die hier zusammengestellten Informationen sind zu einem großen Teil ungeprüft und unverbindlich.
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