MIME Erweiterung für die Chemie

MIME = Multipurpose Internet Mail Extensions

MIME dient dazu, Bilder, Videos und Audio-Daten unter Verwendung externer Programme (z.B. xv, ghostview) sicht- bzw. hörbar zu machen. Im Bereich der Chemie ist es außerdem wünschenswert, 3D-Modelle von Molekülen betrachten zu können.

Hinweis für Benutzer des FUB CHEMnet

Im CHEMnet der FU Berlin sind die MIME-Erweiterungen bereits im systemweiten mailcap eingetragen (hier /usr/local/lib/mosaic/mailcap), so daß die Erstellung einer individuellen .mailcap-Datei (s.u.) nicht erforderlich ist.

.mailcap

Um die MIME-Erweiterungen für die Chemie nutzen zu können, muß der Benutzer (unter Unix) in seinem HOME-Verzeichnis eine Datei namens

.mailcap

anlegen bzw. ergänzen, falls keine geeignete systemweite mailcap-Datei (für Mosaic) zur Verfügung steht. Als Molekül-Betrachter (Viewer) kommen z.B. die Programme xmol oder rasmol in Frage.

.mailcap mit xmol:

chemical/x-pdb; xmol -readFormat pdb %s
chemical/x-xyz; xmol -readFormat xyz %s
chemical/x-alchemy; xmol -readFormat alchemy %s

.mailcap mit rasmol:

chemical/x-pdb; rasmol %s
chemical/x-alchemy; rasmol -alchemy %s
chemical/x-mdl-molfile; rasmol -mdl %s

Als Test kann man versuchen, ein 3D-Modell der Aminosäure Prolin (im Alchemy-Format) zu betrachten. (Falls man den Viewer nicht korrekt installiert hat, wird man zum Abspeichern der Koordinaten-Datei aufgefordert.)

Eine wesentlich ausführlichere Beschreibung (auf Englisch) findet man in dem Text The Chemical MIME Home Page von Henry Rzepa.

Spektren, Chromatogramme

Spektren und Chromatogramme kann man als Listen von xy-Wertepaaren im ASCII-Format abspeichern. Als Betrachter kommen z.B. die Programme xmgr oder xgraph in Frage. Als Dateierweiterung wird "xy" vorgeschlagen, und der .mailcap -Eintrag sollte z.B. folgendermaßen lauten:

application/x-xy; xmgr %s

Hinweis zur Server-Seite

Es ist notwendig, den Server (HTTP-Daemon) so zu konfigurieren, daß er die MIME-Typen als solche erkennt. So ist z.B. beim NCSA-httpd die Konfigurationsdatei conf/mime.types folgendermaßen zu ergänzen:

chemical/x-pdb                 pdb
chemical/x-xyz                 xyz
chemical/x-alchemy             alc
chemical/x-mdl-molfile         mol

application/x-xy               xy

Burkhard Kirste, 1994/08/19, 2004-06-08